ความขัดแย้งระหว่างวัดกัลยาณมิตรกับกรมศิลปากรและชุมชนกัลยาณมิตรเกิดขึ้นเมื่อปี 2546 หลังจากวัดเห็นสภาพความทรุดโทรม จึงต้องการบูรณะ แต่วัดเป็นโบราณสถานที่กรมศิลปากรขึ้นทะเบียนไว้ ทำให้การรื้อถอนและบูรณะต้องขออนุญาตก่อน แต่วัดเห็นว่าการขึ้นทะเบียนโบราณสถานไม่มีความชัดเจนถึงรายละเอียด จึงบูรณะในส่วนที่มองว่าทำได้ ขณะนี้วัดได้ฟ้องศาลปกครองเพื่อให้สามารถเดินหน้าบูรณะได้
ขณะที่อธิบดีกรมศิลปากร บวรเวท รุ่งรุจี ยืนยันสิ่งก่อสร้างภายในวัดกัลยาณมิตรทั้งที่อยู่ในเขตพุทธาวาสและเขตสังฆาวาสเป็นโบราณสถานซึ่งสร้างมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่3 และ สร้างเพิ่มเติมในรัชกาลที่ 4 จนถึงรัชกาลที่ 7 ล้วนแต่มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์สมควรอนุรักษ์ไว้เป็นมรดกชาติโดยได้ประกาศขึ้นทะเบียน 89 รายการและได้แนบรายละเอียดแจ้งทางวัดตั้งแต่ปี 2492
ตลอดกว่า 10 ปีนี้มีหนังสือเตือนให้วัดระงับการบูรณะ 5 ฉบับและแจ้งความ 15 คดี แต่คดีส่วนหนึ่งอัยการไม่ส่งฟ้องเพราะวัดอ้างว่าขาดเจตนา ขณะนี้เหลือ 6 คดีและมีโบราณสถานถูกทุบรื้อ 22 รายการ
ประธานชุมชนวัดกัลยาณ์ ชัยสิทธิ์ กิตติวณิชพันธุ์ เห็นว่า หากประเมินจากจำนวนอาคารเชื่อว่า ขณะนี้โบราณสถานวัดเสียหายเกินร้อยละ 60 ถือเป็นการทำลายประวัติศาสตร์ ชาติและชุมชนที่มีอายุ 190 ปี
การแก้ปัญหาจึงควรย้ายเจ้าอาวาสวัด รวมทั้งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและฟื้นฟูโบราณ สถานภายในวัดโดยมีทั้งฝ่ายวัด กรมศิลปากร ชุมชนและตำรวจเพื่อร่วมกันสอบสวนหาผู้กระทำผิด ตรวจสอบความเสียหายและฟื้นฟูโบราณสถานโดย ทุบทิ้งอาคารสร้างใหม่และสร้างเลียนแบบของเดิมให้ใกล้เคียงที่สุด
ความขัดแย้งของวัดกัลยาณมิตรจะยุติลงได้หรือไม่ คงเป็นเรื่องที่ทั้งกรมศิลปากรวัด ชุมชนและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องต้องหารือร่วมกันถึงคุณค่าประวัติศาสตร์ที่ต้องอนุรักษ์ไว้เพื่อเป็นมรดกชาติ