ห้องน้ำในยานไม่ได้แบ่งชายหรือหญิง รูปแบบทั่วไปก็ไม่ต่างจากห้องน้ำปกติที่มีโถนั่ง เพียงแต่จะต้องมีอุปกรณ์เสริมคือที่รัดเท้า และมีเหล็กวางกั้นบนหน้าขาเพื่อรั้งนักบินไม่ให้ลอยออกไปก่อนที่จะทำธุระเรียบร้อย
การขับถ่ายเมื่อนักบินนั่งขับถ่าย ของเสียจะถูกแรงดันอากาศดูดมาเก็บไว้ในถุงพลสติกที่สามารถมัดปากได้เมื่อทำธุระเสร็จปากถุงจะถูกมัดและถูกดึงไปเก็บไว้ในถังโลหะ และถุงพลาสติกใบใหม่ก็จะถูกนำขึ้นมาแทนที่ ส่วนการขับถ่ายของเสียที่เป็นของเหลวจะใช้วิธีการต่อท่อจะค่อนข้างสะดวกกว่าการถ่ายหนัก
ของเสียจะถูกดูดไปนอกยานอวกาศไปสู่ถังบรรจุนอกตัวยานซึ่งถือเป็นถัง ขยะของยานเมื่อถึงที่สุดแล้วส่วนนี้จะถูกสลัดออกจากยานแม่ถูกแรงเสียดสีเผาไหมเป็นจุลในพริบตา