แต่ต่อมาเมื่อวันที่ 27 สิงหาคม 3563 การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ได้มีมติเห็นชอบตามที่คณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 เสนอให้แก้ไขเพิ่มเติม และเปลี่ยนแปลงเอกสารการคัดเลือกเอกชนเพิ่มเติมครั้งที่ 1 ใหม่โดยใช้การประเมินซองที่ 2 ข้อเสนอทางด้านเทคนิคและซองที่ 3 ข้อเสนอด้านการลงทุนและประโยชน์ตอบแทนของผู้ยื่นข้อเสนอรวมกัน โดยแบ่งสัดส่วนคะแนนซองที่ 2 ข้อเสนอทางด้านเทคนิค 30 คะแนน และคะแนนซองที่ 3 ข้อเสนอด้านการลงทุนและประโยชน์ตอบแทน 70 คะแนน จึงทำให้ต้องขยายระยะเวลาการยื่นข้อเสนอการลงทุนจากเดิมคือวันที่ 23 กันยายน 2563 เป็นวันที่ 9 พฤศจิกายน 2562 และให้ยกเลิกการเปิดซองที่ 2 ที่ได้กำหนดไว้เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2563 ตามหลักเกณฑ์เดิม
และกำหนดเปิดซองตามหลักเกณฑ์ใหม่ในวันที่ 23 พฤศจิกายน 2563 โดยจะเปิดซองที่ 1 ข้อเสนอด้านคุณสมบัติก่อนหลังจากที่ข้อเสนอซองที่ 1 ด้านคุณสมบัติผ่านแล้ว จึงจะเปิดซองที่ 2 ข้อเสนอด้านเทคนิค และซองที่ 3 ข้อเสนอด้านการลงทุนและผลประโยชน์ตอบแทน เพื่อประเมินหาผู้ชนะการคัดเลือกในที่สุด
การแก้ไขหลักเกณฑ์การร่วมลงทุนดังกล่าว สืบเนื่องมาจากเมื่อวันที่ 7 สิงหาคม 2563 บริษัท อิตาเลียนไทย ดีเวล็อปเมนต์ จำกัด (มหาชน) ได้มีหนังสือถึงผู้อำนวยการสำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ และส่งต่อให้แก่การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ในวันที่ 13 สิงหาคม 2563 พิจารณาว่า ไม่ควรพิจารณาให้ผู้ชนะการคัดเลือกเป็นผู้ที่เสนอผลประโยชน์ทางการเงินสูงสุดเท่านั้น แต่ควรพิจารณาผู้ที่ให้ประโยชน์สูงสุดแก่รัฐในภาพรวมที่จะทำให้โครงการประสบความสำเร็จได้ โดยพิจารณาถึงปัจจัยและผลประโยชน์ด้านอื่นที่เกี่ยวข้อง จึงขอให้คณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 พิจารณาปรับปรุงการประเมินข้อเสนอ เพื่อหาผู้ชนะการคัดเลือกให้มีความเหมาะสมชัดเจน ครบถ้วน และถูกต้องตามกฎหมาย
ซึ่งในวันที่ 21 สิงหาคม 2563 เวลา ได้มีการประชุมของคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 จากนั้นได้มีการจัดทำร่างเอกสารปรับปรุงแก้ไขหัวข้อการประเมินข้อเสนอในวันที่ 22 สิงหาคม 2563 โดยได้ปรับปรุงแก้ไขหัวข้อการประเมินข้อเสนอด้านเทคนิคและการเงิน โดยคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 ได้มีมติเห็นซอบเปลี่ยนแปลงเงื่อนไขเอกสารประกวดราคาตอบแทนใหม่ โดยให้พิจารณาข้อเสนอทางด้านเทคนิค มาคิดคะแนนรวมกับข้อเสนอทางด้านการเงินโดยกำหนดสัดส่วนการให้คะแนน 30/70 หากรายใดได้คะแนนรวมสูงสุดก็จะได้รับการคัดเลือก
จึงทำให้ต้องขยายระยะเวลาการยื่นข้อเสนอการลงทุนจากเดิม 23 กันยายน 2563 ออกไปเป็นวันที่ 9 พฤศจิกายน 2563 และการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย จะเปิดซองที่ 1 ข้อเสนอด้านคุณสมบัติ ในวันที่ 23 พฤศจิกายน 2563
BTS จึงฟ้องคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 และการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ต่อศาลปกครอง ขอให้ชดใช้ค่าเสียหายในส่วนที่เป็นค่าที่ปรึกษาทางเทคนิคและค่าที่ปรึกษาทางกฎหมาย
9 กุมภาพันธ์ ศาลปกครองมีคำพิพากษา โดยเห็นว่า หลักเกณฑ์ในการพิจารณาคัดเลือกเอกชนเพื่อร่วมลงทุนกับรัฐการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ต้องดำเนินการให้เป็นไปตามประกาศคณะกรรมการนโยบายการร่วมลงทุนระหว่างรัฐและเอกชน เรื่อง รายละเอียดของร่างประกาศเชิญชวน ร่างเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชน และสาระสำคัญของร่างสัญญาร่วมลงทุน พ.ศ. 2563 คือต้องคัดเลือกโดยให้ระบุหลักเกณฑ์ และวิธีการในการตัดสินให้ชัดเจนเป็นคะแนนในด้านคุณสมบัติ ทางด้านเทคนิค การเงิน ประสบการณ์ และผลงานของผู้ยื่นข้อเสนอ หรือรายละเอียดอื่นตามที่หน่วยงานเจ้าของโครงการกำหนด โดยวิธีการในการตัดสินต้องให้ชัดเจน เป็นคะแนนในแต่ละด้านไป
ซึ่งตามประกาศดังกล่าวได้กำหนดในแต่ละด้าน เช่น ข้อเสนอด้านเทคนิคก็เพื่อให้ได้ผู้ที่จะเข้าร่วมดำเนินการกับรัฐต้องผ่านมาตรฐานดังกล่าวก่อนพิจารณาในด้านอื่นต่อไป
ซึ่งมาตรฐานตามหลักเกณฑ์เดิมก่อนแก้ไข ได้ผ่านการแสดงความคิดเห็นของเอกชนที่เกี่ยวข้อง เป็นเกณฑ์มาตรฐานที่ค่อนข้างสูง คือ ต้องผ่านร้อยละ 80 และได้รับคะแนนการประเมินรวมของทุกหมวดไม่น้อยกว่าร้อยละ 85 ของคะแนนรวมทั้งหมด ทั้งนี้ เพื่อให้ได้ผู้ที่มีผลงานดีมีประสิทธิภาพขั้นสูง หลักเกณฑ์เดิมในส่วนนี้ได้กำหนดให้เป็นไปตามกฎหมาย และมติคณะรัฐมนตรีแล้ว
การดำเนินการของคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 ในการกำหนดหลักเกณฑ์ในครั้งแรกจึงได้ดำเนินการมาโดยชอบแล้ว
ส่วนวัตถุประสงค์ซองที่ 3 ข้อเสนอด้านการลงทุนและผลตอบแทนคือ รัฐได้ผลประโยชน์สูงสุดจากการแข่งขันครั้งนี้ กล่าวคือ เอกชนผู้ยื่นข้อเสนอที่ขอรับเงินสนับสนุนจากรัฐคิดเป็นมูลค่าปัจจุบันต่ำสุด ถือว่าได้ให้ประโยชน์แก่รัฐสูงสุด จะเป็นผู้ได้รับการคัดเลือก ซึ่งรัฐเองก็จะใช้จ่ายเงินงบประมาณในอัตราที่ต่ำสุดให้แก่เอกชนผู้ชนะ
คัดเลือก ส่งผลดีต่อรัฐคือกาาได้ประหยัดเงินงบประมาณแผ่นดินจำนวนมาก
คำพิพากษาศาลปกครองกลาง ระบุว่า เมื่อพิเคราะห์ถึงมาตรา 38 แห่งพระราชบัญญัติการร่วมลงทุนระหว่างรัฐและเอกชน พ.ศ. 2562 ก็มิได้บัญญัติให้อำนาจแก่คณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 ในการแก้ไขหลักเกณฑ์ในการพิจารณาคัดเลือกแต่อย่างใด
ส่วนการที่ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองกล่าวอ้างว่ามีอำนาจพิจารณาดำเนินการอื่น ๆ ที่เกี่ยวกับการคัดเลือกเอกชนของโครงการร่วมลงทุนตามที่เห็นสมควร ตามมาตรา 38(7) ศาลเห็นว่า อำนาจดังกล่าว เป็นเพียงการพิจารณาดำเนินการอื่น ๆ ในส่วนที่มิใช่เป็นสาระสำคัญ
ส่วนที่ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองอ้างว่าคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 มีอำนาจและหน้าที่ตามประกาศคณะกรรมการนโยบายการร่วมลงทุนระหว่างรัฐและเอกชน เรื่อง รายละเอียดของร่างประกาศเชิญชวน ร่างเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชนอละสาระสำคัญของร่างสัญญาร่วมลงทุน พ.ศ. 2564 และตามข้อ 4(9) ที่สงวนสิทธิ์ที่จะเปลี่ยนแปลง แก้ไขเพิ่มเติม ยกเลิก ประกาศเชิญชวน หรือเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชน และในข้อ 17.1 กำหนดให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 สามารถเปลี่ยนแปลง แก้ไข เอกสารข้อเสนอการร่วมลงทุนได้
ศาลพิจารณาเห็นว่า การเปลี่ยนแปลง แก้ไขเพิ่มเติมเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชน แม้ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองมีอำนาจที่จะสามารถกระทำได้ แต่ต้องไม่เกินขอบอำนาจหน้าที่ของผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองตามประกาศคณะกรรมการดังกล่าว นอกจากนั้น การเปลี่ยนแปลงแก้ไขเพิ่มเติมเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชน เป็นการแก้ไขในส่วนที่เป็นสาระสำคัญ และมีผลกระทบต่องบประมาณแผ่นดินที่จะต้องใช้จ่ายจำนวนมาก
การเปลี่ยนแปลงแก้ไขในส่วนที่เป็นสาระสำคัญจึงต้องดำเนินการเช่นเดียวกันกับการกำหนดหลักเกณฑ์
ในการพิจารณาคัดเลือกเอกชนผู้ยื่นข้อเสนอร่วมลงทุนกับรัฐฉบับแรกก่อนแก้ไข กล่าวคือ ต้องดำเนินการรับฟังความคิดเห็นจากเอกชนผู้เกี่ยวข้องตามประกาศคณะกรรมการนโยบายการร่วมทุนระหว่างรัฐ และเอกชน เรื่อง หลักเกณฑ์ และวิธีรับฟังความคิดเห็นของภาคเอกชน พ.ศ. 2563
แต่ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองให้ข้อเท็จจริงว่า การพิจารณาปรับปรุงเอกสารสำหรับการคัดเลือกเอกชน เป็นอำนาจของผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสอง ไม่จำเป็นต้องนำกลับไปดำเนินการรับฟังความคิดเห็นใหม่
แต่อย่างใด และข้อเท็จจริงปรากฎว่า บริษัท อิตาเลียนไทย ดีเวล็อปเมนต์ จำกัด (มหาชน)ได้มีหนังสือถึงผู้อำนวยการสำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจว่า ไม่ควรพิจารณาให้ผู้ชนะการคัดเลือกเป็นผู้ที่เสนอผลประโยชน์ทางการเงินสูงสุดเท่านั้น แต่ควรพิจารณาผู้ที่ให้ประโยชน์สูงสุดแก่รัฐในภาพรวมที่จะทำให้โครงการประสบความสำเร็จได้ โดยพิจารณาถึงปัจจัยและผลประโยชน์ด้านอื่นที่เกี่ยวข้อง ขอให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 พิจารณาปรับปรุงการประเมินข้อเสนอ เพื่อหาผู้ชนะการคัดเลือกให้มีความเหมาะสมชัดเจน ครบถ้วน และถูกต้องตามกฎหมาย
ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองใช้เวลาพิจารณาเรื่องดังกล่าวเพียง 9 วัน โดยมิได้ดำเนินการรับฟังความคิดเห็นของภาคเอกชนที่เกี่ยวข้องก่อนการดำเนินการแก้ไขตามประกาศคณะกรรมการนโยบายการร่วมทุนระหว่างรัฐ และเอกชนเรื่อง หลักเกณฑ์ และวิธีรับฟังความคิดเห็นของภาคเอกชน พ.ศ. 2563 กรณีจึงเป็นการดำเนินการโดยไม่ถูกต้องตามรูปแบบขั้นตอนดังที่กำหนดไว้ตามประกาคณะกรรมการนโยบายการร่วมทุนระหว่างรัฐและเอกชน
ศาลจึงเห็นว่า การแก้ไขเพิ่มเติมและเปลี่ยนแปลงเอกสารการคัดเลือกเอกชนเพิ่มเติมครั้งที่ 1 โดยใช้การประเมินซองที่ 2 และซองที่ 3 รวมกันเป็นคำสั่งทางปกครองทั่วไป "ที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย"