จากการทดสอบคุณภาพน้ำประจำวันในช่วงต้นเดือนมิถุนายน พบว่า มีปริมาณเชื้อแบคทีเรีย อีโคไล ในระดับที่ไม่ปลอดภัย
ที่ผ่านมามีการห้ามว่ายน้ำในแม่น้ำแซนมานานกว่า 100 ปี และตั้งแต่ปี 2558 มีการทุ่มงบประมาณ 1,500 ล้านดอลลาร์เพื่อฟื้นฟูแม่น้ำแซนให้สะอาดสำหรับการจัดกีฬา โอลิมปิก และเพื่อให้ชาวปารีสมีแม่น้ำที่สะอาดขึ้นหลังจบโอลิมปิกด้วย
แต่หากน้ำไม่สะอาดพอในวันที่มีกำหนดการแข่งขัน ผู้จัดงานก็สามารถปรับเปลี่ยนตารางการแข่งขันได้หากจำเป็น แต่หากเลื่อนแล้ว ยังจัดการแข่งขันไม่ได้ ก็มีแผนสำรองด้วยการจัดแข่งว่ายน้ำในอ่างเก็บน้ำ ที่ใช้แข่งขันพายเรือ และการแข่งขันไตรกีฬาก็อาจจัดโดยไม่มีการว่ายน้ำ