ทั้งนี้คาดว่าจะสามารถ แก้ไขปัญหาจราจร บริเวณจุดตัดได้เป็นอย่างดี เพราะขบวนรถไฟ สามารถเดินตรงตามเวลาได้มากขึ้น โดยที่ไม่ต้องผ่านจุดตัดทางรถไฟกับรถยนต์ ทั้งนี้ ขบวนรถที่ต้องเข้าสถานีกรุงเทพที่มี 100 กว่าขบวนต่อวัน ก็จะลดลง ลดปัญหาการจราจร ในพื้นที่ชั้นในของกรุงเทพฯ ซึ่งเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของโครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดง
สำหรับกลุ่มขบวนรถธรรมดา ขบวนรถชานเมือง และ ขบวนรถนำเที่ยวทุกสาย จำนวน 62 ขบวน ยังคงให้บริการต้นทาง-ปลายทางที่สถานีกรุงเทพ (หัวลำโพง) ตามเดิม ตั้งแต่ กรุงเทพ สามเสน ชุมทางบางซื่อ และ จะขึ้นทางยกระดับ เดินรถร่วมกับรถไฟชานเมืองสายสีแดง ยกเว้นขบวนรถธรรมดา และ ชานเมืองในเส้นทางสายใต้ จะเดินรถระดับพื้นดิน ตั้งแต่สถานีชุมทางบางซื่อ ไปตามเส้นทางเดิม