อย่างไรก็ตาม เส้นทางของ "เจ้าบุ๊ค" ก็ต้องสะดุดลงอย่างไม่คาดฝัน เมื่อโชคร้ายได้รับบาดเจ็บหนักที่หัวเข่า จนต้องเข้ารับการผ่าตัดและต้องใช้เวลาพักฟื้นนานกว่าครึ่งปี หลังจากนั้นแม้จะกลับมาลงสนามได้อีกครั้งแต่ก็ยังโดนอาการบาดเจ็บรบกวนอย่างต่อเนื่องจนกระทบต่อฟอร์มการเล่น โอกาสลงสนามเริ่มลดน้อยลง และก็ส่งผลไปถึงสภาพจิตใจของตัวเอง สุดท้าย เชียงราย ยูไนเต็ด จึงตัดสินใจปล่อย เอกนิษฐ์ ไปให้ เชียงใหม่ ยูไนเต็ด ยืมตัวไปใช้งาน เพื่อเรียกฟอร์มเก่งและความมั่นใจกลับคืนมา
และการเล่นที่ เชียงใหม่ ยูไนเต็ด นี้เอง ที่ทำให้ "เจ้าบุ๊ค" เริ่มกลับมาทำผลงานได้ดีอีกครั้ง กระทั่งได้กลับไปอยู่กับ เชียงราย ยูไนเต็ด และถูก เมืองทอง ยูไนเต็ด ดึงตัวไปร่วมทีมในเวลาต่อมา ด้วยค่าตัวตามรายงานถึง 30 ล้านบาท
การค้าแข้งที่เมืองทอง ยูไนเต็ด เอกนิษฐ์ ได้เป็นตัวหลักของทีมมาตลอด และโชว์ฟอร์มได้อย่างยอดเยี่ยมจนเป็นที่หมายปองของสโมสรต่างแดน ก่อนจะเป็น อุราวะ เร้ดส์ ทีมดังจากญี่ปุ่น เจ้าของแชมป์ เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2022 ที่คว้าตัวไปร่วมทัพได้สำเร็จด้วยสัญญายืมตัว 6 เดือน พร้อมกับออปชั่นขยายต่อ ทำให้ "เจ้าบุ๊ค" กลายเป็นนักเตะไทยรายที่ 4 ที่ได้เดินทางสู่เวทีเจลีก ลีกลูกหนังอันดับหนึ่งของทวีปเอเชีย ต่อจาก ชนาธิป สรงกระสินธ์ (คอนซาโดเล่ ซัปโปโร ปี 2017), ธีรศิลป์ แดงดา (ซานเฟรซเช่ ฮิโรชิม่า ปี 2018, ชิมิสึ เอส-พัลส์ ปี 2020) และธีราทร บุญมาทัน (วิสเซล โกเบ ปี 2018, โยโกฮาม่า เอฟ มารินอส ปี 2019)
ส่วนในนามทีมชาติ เอกนิษฐ์ กลับมาติดทัพ "ช้างศึก" อีกครั้งในปี 2022 และก็เป็นขาประจำในทีมชาติมาตลอด โดยเฉพาะในศึก เอเชียนคัพ 2023 ที่กำลังจะมาถึง "เจ้าบุ๊ค" ก็มีชื่อเป็นหนึ่งในทีมชุดนี้ด้วย โดยแฟนบอลชาวไทยต่างคาดหวังให้เจ้าตัวเข้ามาทดแทน ชนาธิป สรงกระสินธ์ ที่หลุดจากทีมชุดนี้ไปด้วยปัญหาอาการบาดเจ็บ แต่สุดท้าย เอกนิษฐ์ กลับถอนตัวออกไปอย่างน่าเสียดาย
- ถอนตัว "ช้างศึก" เพราะใคร-เพราะอะไร?
หลังจากที่สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย รายงานถึงการถอนตัวของ เอกนิษฐ์ สื่อกีฬาทุกสำนักต่างพยายามติดต่อกับตัวนักเตะเพื่อขอให้อธิบายข้อเท็จจริงทั้งหมด แต่ถึงบัดนี้ยังไม่มีใครติดต่อได้
โดยล่าสุด "บับเบิ้ล" ยิ่งรัก รักษ์สุวรรณ กูรูชื่อดังสายฟุตบอลไทย เผยว่า ได้รับข้อมูลมาว่าการถอนตัวทีมชาติครั้งนี้ไม่ได้เกิดจากตัวของ เอกนิษฐ์ เอง แต่มาจากคนที่มีส่วนเกี่ยวข้องในการไปค้าแข้งที่เจลีก ได้สายตรงไปแจ้งต่อ มาซาทาดะ อิชิอิ กุนซือทีมชาติไทย
"เท่าที่บอกได้เบื้องต้นคือ เอกนิษฐ์ ปัญญา ไม่ได้ตัดสินใจทั้งหมดเอง ตอนถอนตัวก็ไม่ได้เป็นคนแจ้งกับทีมชาติไทยเองด้วยซ้ำ แต่ข่าวออกมาขนาดนี้แล้วคนที่ตายคือนักบอล !!!"
อ่านรายละเอียดได้ ที่นี่
ขณะที่บางกระแสข่าวรายงานว่า สาเหตุที่ เอกนิษฐ์ ต้องไปเก็บตัวปรีซีซั่นกับ อุราวะ เร้ดส์ ก็เพราะสโมสรเพิ่งได้ตัวกุนซือใหม่ ตัวนักเตะจึงจำเป็นต้องไปพิสูจน์ตัวเองว่าดีพอที่จะอยู่ในทีมต่อไป และจะได้ใช้ออปชั่นขยายสัญญาต่อไปได้ มิเช่นนั้นเส้นทางการค้าแข้งในเจลีกของเจ้าตัวอาจจบลงเพียงเท่านี้
อย่างไรก็ตามคงต้องรอการอธิบายจาก เอกนิษฐ์ อีกครั้งว่าสาเหตุที่แท้จริงเป็นอย่างไรกันแน่ และอนาคตในทีมชาติของเขาภายใต้กุนซือ มาซาทาดะ อิชิอิ ก็ยังเป็นคำถามที่ต้องรอคำตอบกันต่อไป