โดยในภายหลัง เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2556 คณะกรรมการพิจารณาสิทธิฯ ได้มีคำตัดสินให้นายสมบัติ์ เกียรติสุรนนท์, นายสรศาสตร์ ศรีธัญรัตน์ และ นายธเนศ เครือรัตน์ ทั้งสามคนร่วมกันบริหารสโมสรฟุตบอลของบริษัท สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ จำกัด หรือชื่อใหม่ว่าบริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด ตามใบอนุญาตการเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลรายการไทยพรีเมียร์ลีก ในฤดูกาล 2556 ต่อมา ในวันที่ 19 กุมภาพันธ์ 2556 สภากรรมการสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ในขณะนั้นประกอบด้วย
- นายกสมาคม : นายวรวีร์ มะกูดี
- อุปนายก : นายไบรอัน ลินด์เซ มาร์การ์, นายประเวช รัตนเพียร, นายวิมล กาญจนะ, นายวิชาญ มีนชัยนันท์ นายชาติชาย พุคยาภรณ์, นายพีระ ฟองดาวิรัตน์
- กรรมการกลาง : นายกษม ชนะวงศ์, พันเอก วรวุฒิ ทองศรีงาม, พลตรี ชินเสณ ทองโกมล, พลตรี หม่อมหลวง สุปรีดี ประวิตร, นายณัฎฐพล ทีปสุวรรณ, นายอุดรพันธ์ จันทรวิโรจน์, นายภิรมย์ อั๋นประเสริฐ, นายเกรียงสิทธิ์ หนุ่มรักชาติ, นายโสภิต ภาโนมัย, นายเกษม จริยวัฒน์วงศ์, นายสุนทร มีสุวรรณ, นายองอาจ ก่อสินค้า
โดยมีมติชี้ขาดเห็นชอบด้วยกับคำตัดสินของคณะกรรมการพิจารณาสิทธิฯ โดยอ้างว่าอาศัยอำนาจตามข้อบังคับลักษณะปกครองของสมาคม ปี 2546 ข้อ 16.11 และข้อ 24
การที่สภากรรมการได้มีมติชี้ขาดเห็นชอบด้วยกับคำตัดสินของคณะกรรมการพิจารณาสิทธิฯ ให้นายสมบัติ์ เกียรติสุรนนท์, นายสรศาสตร์ ศรีธัญรัตน์ และ นายธเนศ เครือรัตน์ ซึ่งมิใช่กรรมการของบริษัทฯ อีกต่อไป เป็นผู้มีอำนาจบริหารสโมสรฟุตบอลของบริษัทฯ เมื่อการนำคดีไปสู่ศาล ศาลเห็นว่าเป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย
เริ่มนำคดีขึ้นสู่ศาลปกครอง
27 กุมภาพันธ์ 2556 บริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด ยื่นฟ้องสมาคมต่อศาลปกครองอุบลราชธานี เป็นคดีหมายเลขดำที่ 52/2556 และเป็นคดีหมายเลขแดงที่ 847/2559 เพื่อขอให้เพิกถอนมติหรือคำสั่งของสมาคม และให้สมาคมชดใช้ค่าเสียหาย ค่าใช้จ่ายที่เกิดจากการเข้าร่วมการแข่งขัน ค่าเสียโอกาสและรายได้ที่พึงจะได้รับ เป็นจำนวนเงิน 199,704,191.37 บาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับถัดจากวันฟ้องจนกว่าจะชำระเสร็จสิ้น
การเปลี่ยนแปลงของฟุตบอลไทย สู่การบริหารของ พล.ต.อ.ดร.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง
17 กุมภาพันธ์ 2559 การกีฬาแห่งประเทศไทย (กกท.) ได้จดทะเบียนให้พล.ต.อ.ดร.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง เป็นนายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ สมัยแรก พร้อมกับการจดทะเบียนกรรมการสมาคมกีฬาขึ้นใหม่ทั้งชุด
กระบวนการในชั้นศาลเสร็จสิ้นแล้ว เหลือเพียงรอฟังคำตัดสินของศาลปกครองอุบลราชธานี
29 ธันวาคม 2559 พล.ต.ท.พิสัณห์ จุลดิลก ที่ดำรงตำแหน่งเลขาธิการสมาคมฯ ในขณะนั้น พร้อมด้วยทนายความของสมาคม เดินทางไปรับฟังคำพิพากษาศาลปกครองอุบลราชธานี ให้เพิกถอนมติหรือคำสั่งของสมาคม และให้สมาคมชำระค่าสินไหมทดแทนแก่ผู้ฟ้องคดีจำนวน 18,482,162.61 บาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับตั้งแต่วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2556
สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ได้ใช้สิทธิตามกฎหมายยื่นอุทธรณ์คำพิพากษา ต่อศาลปกครองสูงสุด
28 กุมภาพันธ์ 2563 การกีฬาแห่งประเทศไทย (กกท.) ได้จดทะเบียนให้พล.ต.อ.ดร.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง เป็นนายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ สมัยที่ 2 พร้อมกับการจดทะเบียนกรรมการสมาคมกีฬาขึ้นใหม่ทั้งชุด
คำพิพากษาถึงที่สุด
27 กรกฎาคม 2565 ศาลปกครองอุบลราชธานี อ่านคำพิพากษาศาลปกครองสูงสุด ซึ่งพิพากษายืนตามศาลปกครองอุบลราชธานี ในส่วนที่เกี่ยวกับการเพิกถอนมติหรือคำสั่งของสมาคม โดยให้สมาคมเพิกถอนมติหรือคำสั่งของสมาคมที่กำหนดเงื่อนไขให้ นายสมบัติ์ เกียรติสุรนนท์, นายสรศาสตร์ ศรีธัญรัตน์ และ นายธเนศ เครือรัตน์ ร่วมกันบริหารสโมสรฟุตบอลของบริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด แต่พิพากษาแก้ไขในส่วนที่เกี่ยวข้องกับเงินต้นและดอกเบี้ย โดยให้สมาคมชำระค่าสินไหมทดแทนแก่ บริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด เป็นจำนวนเงิน 18,446,162.61 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ยร้อยละ 7.5 ต่อปีนับตั้งแต่วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2556 ถึงวันที่ 10 เมษายน 2564 และร้อยละ 5 ต่อปี นับแต่วันที่ 11 เมษายน 2564 จนกว่าจะชำระเงินเสร็จ เมื่อคำนวณถึงปัจจุบัน จะเป็นเงิน 31 ล้านบาทเศษ
คดีเรื่องนี้ถึงที่สุดแล้วตามคำพิพากษาศาลปกครองสูงสุด ในวันที่ 20 กันยายน 2565 สมาคมได้พยายามเจรจาขอผ่อนผันการชำระหนี้ตามคำพิพากษากับ กรรมการบริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด แล้วแต่ไม่เป็นผล
ต่อมา เงินของสมาคมซึ่งฝากไว้กับธนาคารถูกอายัด ส่งผลให้ขาดสภาพคล่องทางการเงิน จำนวนเงินดังกล่าวไม่เพียงพอต่อการชำระหนี้ ต้องสำรองเงินไว้เพื่อชำระค่าสินไหมทดแทนทั้งหมด จึงมีความจำเป็นที่จะต้องชะลอการจ่ายเงินสนับสนุนของสโมสรสมาชิกในไทยลีกไว้ก่อน เพื่อชำระหนี้ให้กับ บริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด จนครบจำนวนตามคำสั่งศาล
สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เคารพและพร้อมดำเนินการตามคำพิพากษาศาลปกครองสูงสุด แม้จะอยู่ในสถานการณ์ที่ยากลำบาก โดยจะพยายามแก้ไขให้ดีที่สุด เพื่อให้ฟุตบอลไทยทั้งระบบเดินหน้าต่อไปได้ ไม่ว่าจะเป็น ฟุตบอลทีมชาติไทย ฟุตบอลลีกอาชีพ ฟุตบอลยูธลีก การพัฒนาผู้ตัดสิน และผู้ฝึกสอน รวมถึงกิจกรรมที่เกี่ยวข้อง
อย่างไรก็ตาม เหตุดังกล่าวเป็นผลจากการมีมติของสภากรรมการชุดเดิม ที่มี นายวรวีร์ มะกูดี เป็นนายกสมาคมฯ ซึ่งศาลพิพากษาว่าไม่ชอบด้วยกฎหมาย เป็นมติที่ก่อให้เกิดความเสียหาย และมิได้เกิดจากการบริหารกิจการของสภากรรมการชุดปัจจุบัน ทั้งนี้ สภากรรมการชุดปัจจุบันจำเป็นต้องไล่เบี้ยสภากรรมการชุดเก่าและผู้เกี่ยวข้อง ต่อไป