จากผลการประเมินความคุ้มค่าของเงิน (Value for Money : Vfm) เห็นว่า การให้เอกชนร่วมลงทุนโดยใช้รูปแบบ PPP Net Cost ระยะเวลาการดำเนินงาน 30 ปี รวมก่อสร้างงานโยธาของโครงการ เป็นประโยชน์ต่อภาครัฐสูงสุด
ในการคัดเลือกเอกชนร่วมลงทุน ควรกำหนดให้เอกชนแยกเสนอมูลค่าผลตอบแทนแก่รัฐหรือเงินที่ต้องการให้รัฐสนับสนุนเป็น 2 ส่วน ได้แก่ ค่าลงทุนจัดหาระบบรถไฟฟ้าและให้บริการเดินรถไฟฟ้า และค่าลงทุนงานโยธา รวมถึงเพดานอัตราดอกเบี้ยที่เอกชนจะให้รัฐรับชำระคืนโดยกำหนดเงื่อนไขการชำระคืนที่เป็นประโยชน์แก่ภาครัฐ เพื่อให้คณะกรรมการคัดเลือกสามารถประเมินข้อเสนอในแต่ละส่วนได้อย่างครบถ้วน
ผู้ยื่นข้อเสนอที่ขอรับเงินสนับสนุน รวมทั้งสองส่วนจากภาครัฐ เมื่อคิดเป็นมูลค่าปัจจุบัน (NPV) ต่ำที่สุดจะเป็นผู้ชนะการคัดเลือกโดยเอกชนเป็นผู้ลงทุนค่างานโยธา และรัฐจะทยอยชำระคืนเอกชนค่างานโยธาตามที่เกิดขึ้นจริง แต่ไม่เกินวงเงิน 96,012 ล้านบาท
ทั้งนี้ ผลการศึกษาและวิเคราะห์โครงการพิพาทได้ผ่านความเห็นชอบจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม สำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจและคณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐ ตามลำดับ
โดยมีความเห็นของสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ สำนักงบประมาณ สำนักงานอัยการสูงสุด สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ และสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ประกอบการพิจารณาของคณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐ
โดยคณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐได้มีมติเห็นชอบในหลักการของโครงการ ดังนี้ ให้ดำเนินโครงการรถไฟฟ้าพิพาทในรูปแบบ PPP Net Cost โดยภาครัฐลงทุนค่างานจัดกรรมสิทธิ์ที่ดิน ส่วนภาคเอกชนลงทุนค่างานโยธา ค่างานระบบรถไฟฟ้า ขบวนรถไฟฟ้า บริหารการเดินรถและช่อมบำรุงรักษา รวมทั้งค่าจ้างที่ปรึกษาโครงการ โดยมีระยะเวลาเดินรถ 30 ปี นับจากเริ่มเปิดให้บริการโครงการส่วนตะวันออกเป็นต้นไป
เอกชนเป็นผู้จัดเก็บค่าโดยสารและรับความเสี่ยงด้านรายได้ค่าโดยสาร รายได้จากการพัฒนาเชิงพาณิชย์และรับผิดชอบค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานทั้งหมด โดยภาครัฐไม่มีภาระสนับสนุนทางการเงิน (Subsidy) แก่เอกชนในส่วนงานระบบรถไฟฟ้าและขบวนรถ และงานเดินรถและซ่อมบำรุงรักษาของโครงการ อนุมัติกรอบวงเงินสนับสนุนให้เอกชนตามที่เกิดขึ้นจริงแต่ไม่เกินวงเงินค่างานโยธา
โดยรัฐทยอยชำระคืนให้เอกชนหลังจากเปิดเดินรถทั้งเส้นทางแล้ว และแบ่งจ่ายเป็นรายปี กำหนดระยะเวลาแบ่งจ่ายไม่ต่ำกว่า 10 ปี พร้อมดอกเบี้ย โดยใช้อัตราส่วนลดหรืออัตราดอกเบี้ยตามความเห็นของสำนักงบประมาณ
เมื่อวันที่ 28 ม.ค.2563 คณะรัฐมนตรี พิจารณาความเห็นของคณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐ แล้วมีมติอนุมัติการดำเนินโครงการรถไฟฟ้าพิพาทตามที่คณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐเสนอ
จึงเห็นได้ว่า คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติหลักการในส่วนของการพิจารณาผู้ชนะการคัดเลือกว่า ผู้ยื่นข้อเสนอที่ขอรับเงินสนับสนุนค่างานโยธาต่ำที่สุดจะเป็นผู้ชนะการคัดเลือก
หรือกล่าวอีกนัยหนึ่ง คือ คณะรัฐมนตรีมีมติในหลักการให้ใช้หลักผลตอบแทนทางการเงินสูงสุด (Price) ซึ่งเป็นหลักการที่สนับสนุนการรักษาวินัยการเงินการคลังของรัฐ เนื่องจากโครงการพิพาทมีมูลค่าสูงและการอนุมัติกรอบวงเงินสนับสนุนค่างานโยธาให้แก่เอกชนมีผลผูกพันตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณ
มติคณะรัฐมนตรี จึงมีผลผูกพันผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสอง การเปลี่ยนแปลงหลักการดังกล่าว จึงต้องได้รับความเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรีอีกครั้ง