คณะกรรมการ ป.ป.ช. รับสอบสวนข้อกล่าวหา อดีตนายกอบจ.สงขลา นิพนธ์ บุญญามณี ปัจจุบันเป็น รมช.มหาดไทย ในรัฐบาล พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา
หลังการไต่สวนทั้งฝ่ายผู้ร้อง และฝ่ายผู้ถูกกล่าวหา คณะกรรมการ ป.ป.ช. ชี้มูลว่า "นิพนธ์" มีความผิดฐานละเว้นปฏิบัติหน้าหน้า เนื่องจากไม่จ่ายเงินให้เอกชนผู้รับจ้าง โดยอ้างว่า มีการฮั้วกันของเอกชนคู่สัญญา แต่มิได้แสดงหลักฐานใด
นิพนธ์ เข้ามารับตำแหน่ง นายก อบจ.สงขลา เมื่อ 28 ส.ค. 2556
28 มี.ค. 2557 กับ 5 มิ.ย. 2557 สตง. และจังหวัดสงขลา แจ้งให้ อบจ.สงขลา เบิกจ่ายค่ารถซ่อมบำรุงทางอเนกประสงค์ เพราะผู้ขายอาจฟ้องร้องทางราชการได้
แต่ นิพนธ์ ไม่ยอมเบิกจ่ายเงิน โดยอ้างว่า การเสนอราคาโดยไม่สุจริต 7 ก.พ. 2560 ศาลปกครองสงขลา พิพากษาให้ อบจ.สงขลา ชำระค่ารถฯ พร้อมดอกเบี้ย จำนวน 52,062,041 บาทเศษ
การที่ นิพนธ์ อ้างว่า การซื้อจัดจ้างมีการฮั้วประมูล แต่ไม่ได้ใช้อำนาจฝ่ายบริหาร ในตำแหน่ง นายก อบจ. สั่งยกเลิกการประมูล เป็นเหตุให้ป.ป.ช.ชี้มูลผิด 157
ขณะที่ รมช.มหาดไทย ทักท้วงกรณี ป.ป.ช.กล่าวหาว่า เป็นผู้มีอิทธิพล ถือว่ามีความเสียหาย ยืนยันว่าไม่ใช่ผู้มีอิทธิพล ในจังหวัดสงขลา ไม่เคยสนับสนุนการทำผิดกฎหมาย ไม่เคยค้าขายของผิดกฎหมาย บ่อนการพนันไม่เคยเปิด
มติคณะกรรมการ ป.ป.ช.ให้ยื่นฟ้อง นิพนธ์ ต่อศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง เนื่องจากเห็นว่า ปัจจุบัน นิพนธ์ เป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย
นอกจาก อาจจะเกี่ยวกับเรื่องอิทธิพลในพื้นที่ และต้องการปกป้องพยาน แล้ว กระทรวงมหาดไทย ก็อยู่ในส่วนกลาง ป.ป.ช.จึงยื่นฟ้องตาม ป.วิอาญา แต่ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับศาลจะพิจารณาเรื่องเขตอำนาจ ว่า จะรับฟ้องหรือไม่