คำพิพากษายังเพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลังที่ 1351/2559 เฉพาะส่วนที่เรียกให้ นางสาวยิ่งลักษณ์ชดใช้เกิน 10,028.86 ล้านบาท จากยอดเดิม 35,717.27 ล้านบาท โดยศาลไม่ให้ยิ่งลักษณ์รับผิดในส่วนภาพรวมของโครงการจำนำข้าว
อีกส่วนหนึ่ง ศาลสั่งให้แจ้งกรมบังคับคดีจัดทำบัญชีกันส่วนทรัพย์สินที่ยึดไว้ 37 รายการ เพื่อคุ้มครองสิทธิของนายอนุสรณ์ในฐานะเจ้าของกรรมสิทธิ์ร่วม และคืนสิทธิแก่เขาภายใน 60 วัน
ฝ่าย นางสาวยิ่งลักษณ์ โต้แย้งทั้งเรื่องผู้รับผิดชอบและวิธีคำนวณความเสียหาย นายนรวิชญ์ หล้าแหล่ง ทนายความผู้รับมอบอำนาจ ระบุว่า คณะอนุกรรมการระบายข้าวซึ่งมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์เป็นประธานดูแลเรื่องระบายข้าว นายกรัฐมนตรีไม่ได้มีอำนาจโดยตรงในขั้นตอนนี้
ทีมทนายยังระบุว่า ณ วันที่ 22 พฤษภาคม 2557 รัฐมีข้าวคงคลัง 18.9 ล้านตัน ซึ่งรัฐบาลชุดต่อมานำออกขายในราคาตลาด 18–25 บาทต่อกิโลกรัม และมีรายได้สะสมกว่า 200,000 ล้านบาท ฝ่ายยิ่งลักษณ์เห็นว่าควรนำรายได้ดังกล่าวมาหักกับมูลค่าความเสียหายที่ถูกเรียกให้ชดใช้ และคืนเงินส่วนเกินหากคำนวณแล้วเหลือเงิน
ข้อโต้แย้งล่าสุดเข้าสู่กระบวนการผ่านคำร้องขอพิจารณาคดีใหม่ แต่เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2569 ศาลปกครองกลางสั่งไม่รับคำร้อง ศาลเห็นว่าหนังสือกระทรวงพาณิชย์ลงวันที่ 1 สิงหาคม 2568 ที่ผู้ร้องนำมาอ้าง เป็นหลักฐานการหารือหลังมีคำพิพากษา ไม่ใช่พยานหลักฐานใหม่ที่เปลี่ยนสาระสำคัญของคำพิพากษาได้ ยิ่งลักษณ์และนายอนุสรณ์จึงอุทธรณ์คำสั่งดังกล่าว
ขณะคดีเดินต่อ ภาระหนี้จากโครงการจำนำข้าวยังปรากฏในบัญชีของรัฐ โครงการตลอด 5 ฤดูกาลระหว่างปี 2554–2557 รับจำนำข้าวเปลือกรวม 54.35 ล้านตัน และใช้งบประมาณรวม 9.85 แสนล้านบาท
งบการเงินของธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร หรือ ธ.ก.ส. ณ วันที่ 31 มีนาคม 2567 ระบุว่า รัฐบาลมีภาระผูกพันค้ำประกันหนี้คงค้างของโครงการ 173,215.98 ล้านบาท ส่วนเอกสารงบประมาณปี 2569 ระบุแผนตั้งงบชำระหนี้ให้ ธ.ก.ส. ในช่วงปี 2568–2572 รวม 136,532.90 ล้านบาท โดยปี 2569 ตั้งไว้ 27,935.83 ล้านบาท
ตัวเลขสองชุดนี้มีความหมายต่างกัน ยอด 173,215.98 ล้านบาทคือภาระผูกพันค้ำประกันหนี้คงค้าง ณ วันรายงาน ขณะที่ 136,532.90 ล้านบาทคือวงเงินตามแผนตั้งงบชำระหนี้ห้าปี ทั้งสองจำนวนเป็นภาระของรัฐบาลต่อ ธ.ก.ส. ไม่ใช่ยอดค่าสินไหมที่ศาลสั่งให้ยิ่งลักษณ์จ่ายกระทรวงการคลัง