ปัจจุบันกรุงเทพธนาคม และ กทม. มียอดหนี้ที่ต้องชำระให้กับทางบีทีเอส แบ่งออกเป็น 3 ส่วน คือ ส่วนที่ 1 สัญญาจ้างเดินรถส่วนต่อขยายที่ 1 จากอ่อนนุช - แบริ่ง และตากสิน - บางหว้า โดยเป็นสัญญาที่ได้ดำเนินการมาตั้งแต่ปี 2555 ทำสัญญาที่ถูกต้องตามขั้นตอน เพราะทาง กทม.ได้หารือเกี่ยวกับสัญญานี้ในชั้นกฤษฎีกาแล้ว ผ่านสภา กทม.ตามระเบียบกำหนด และบีทีเอสได้รับการจ่ายค่าจ้างตามสัญญามาตลอดจนกระทั่งปี 2562 เป็นต้นมาที่ไม่ได้รับชำระ
ส่วนที่ 2 ส่วนต่อขยายช่วงหมอชิต - สะพานใหม่ - คูคต และแบริ่ง – สมุทรปราการ ซึ่งเป็นโครงการที่ กทม.รับโอนมาจากการรถไฟฟ้าขนส่งมวชนแห่งประเทศไทย ซึ่งกทม.มองว่าเป็นสัญญาที่มีปัญหา แต่บีทีเอสในฐานะคู่สัญญาก็ยืนยันว่าสัญญาจ้างงานส่วนนี้ บีทีเอสมีสัญญากับกรุงเทพธนาคม และกรุงเทพธนาคมก็มีหนังสือการมอบหมายจาก กทม.ให้มาดำเนินการเรียบร้อย โดยสัญญาจ้างเดินรถส่วนนี้ปัจจุบันยังอยู่ในขั้นตอนศาลปกครองพิจารณา เพราะกรุงเทพธนาคม และ กทม.ได้ยื่นอุทธรณ์
และส่วนที่ 3 ค่าติดตั้งงานระบบไฟฟ้า/เครื่องกล (E&M) ส่วนนี้มีวงเงินราว 2 หมื่นล้านบาท โดยล่าสุดบีทีเอสได้ยื่นรายละเอียดของมูลหนี้ส่วนนี้แจ้งไปยัง กทม.ให้รับทราบแล้ว เนื่องจากงานติดตั้งระบบไฟฟ้า/เครื่องกล ปัจจุบันก็ติดตั้งแล้วเสร็จ และเปิดให้บริการรถไฟฟ้าส่วนต่อขยายมานานแล้ว จึงอยากขอให้ กทม.พิจารณาจ่ายค่าจ้างงานส่วนนี้ แต่ปัจจุบันทาง กทม.ยังไม่มีการตอบรับกลับมา