ส่วนการดำเนินการตามคำร้องขอ อยู่ในหมวด 3 ข้อ 7 ให้ผู้ร้องขอยื่นคำร้องขอต่อกรมสอบสวนคดีพิเศษ เว้นแต่ในกรณีที่กรรมการคดีพิเศษ เป็นผู้ร้องขอ ให้ปฏิบัติตามข้อ 12
ข้อ 8 เมื่อกรมฯ ได้รับคำร้องขอตามข้อ 6 แล้ว ให้ส่งคำร้องขอดังกล่าวไปยังคณะอนุกรรมการที่กคพ.แต่งตั้ง และให้ประธานอนุกรรมการฯ จัดประชุมเพื่อดำเนินการพิจารณาโดยเร็วก่อนส่งคำร้องไปยังคณะอนุกรรมการฯ ตามวรรคหนึ่ง หากอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือผู้ที่ได้รับมอบหมายเห็นว่าข้อมูล ข้อเท็จจริง ยังไม่ชัดเจนเพียงพอ จะสั่งให้ทำการสืบสวนเพื่อตรวจสอบ ข้อเท็จจริงก่อนก็ได้
ให้ กคพ. แต่งตั้งคณะอนุกรรมการขึ้นคณะหนึ่ง หรือหลายคณะ ก็ได้ ให้แต่ละคณะมีจำนวนไม่เกิน 5 คน โดยมีพนักงานสอบสวนคดีพิเศษระดับ 9 ขึ้นไป เป็นประธานอนุกรรมการฯ และพนักงานสอบสวนคดีพิเศษระดับ 8 ขึ้นไป เป็นอนุกรรมการและเลขานุการฯ
ข้อ 9 ให้คณะอนุกรรมการฯพิจารณาคำร้องโดยเร็ว และให้คณะอนุกรรมการฯ มีความเห็นประกอบการพิจารณาด้วยว่าสมควรที่ กคพ. จะมีมติให้คดีความผิดทางอาญานั้น เป็นคดีพิเศษหรือไม่ ประการใด โดยให้อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ นำเรื่องเข้าสู่วาระการประชุม กคพ. เพื่อพิจารณาต่อไป
ข้อ 10 การประชุมคณะอนุกรรมการฯ ต้องมีอนุกรรมการมาประชุมไม่น้อยกว่ากึ่งหนึ่งของจำนวนอนุกรรมการทั้งหมด การลงมติของที่ประชุมคณะอนุกรรมการให้ถือเสียงข้างมาก อนุกรรมการคนหนึ่งให้มีเสียงหนึ่งในการลงคะแนน ถ้าคะแนนเสียงเท่ากัน ให้ประธานในที่ประชุมออกเสียงเพิ่มขึ้นอีกเสียงหนึ่งเป็นเสียงชี้ขาด
ข้อ 11 เมื่อ กคพ. มีมติเป็นประการใดแล้ว ให้อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ มีหนังสือแจ้งผู้ร้องขอทราบถึงมติดังกล่าวภายในกำหนดเวลา 7 วันทำการ นับแต่วันที่ กคพ. มีมติ
ข้อ 12 กรณีกรรมการเป็นผู้ร้องขอ ให้ส่งเรื่อง หรือแจ้งให้อธิบดีทราบก่อนวันประชุม กคพ. อย่างน้อย 3 วันทำการ และให้อธิบดีนำเรื่องเข้าสู่วาระการประชุม กคพ. เพื่อพิจารณาต่อไป เว้นแต่กรณีมีเหตุจำเป็นเร่งด่วน หรือเป็นเรื่องสำคัญที่อาจมีผลกระทบต่อการปฏิบัติงานของกรมสอบสวนคดีพิเศษ กรรมการอาจเสนอให้พิจารณาในวันประชุม กคพ. ก็ได้
ข้อ 13 ในกรณีที่ กคพ. เคยมีมติไม่รับเรื่องใดเป็นคดีพิเศษแล้ว ไม่ตัดสิทธิผู้ร้องขอที่จะยื่นคำร้องขอไหม่ใด้อีก หากผู้ร้องขอได้แสดงให้เห็นว่ามีเหตุผลหรือข้อเท็จจริงเพิ่มเติม เป็นเหตุให้สมควรจะทบทวนมติเดิม
ข้อ 14 ในกรณีที่มีข้อสงสัยว่าผู้ร้องขอเป็นผู้มีสิทธิยื่นคำร้องขอหรือไม่ ให้อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ เป็นผู้ขี้ขาด
ผู้อำนวยการกองบริหารคดีพิเศษ พ.ต.ต.วรณัน ศรีล้ำ ในฐานะรองโฆษกดีเอสไอ เปิดเผย "สำนักข่าวเนชั่น"ว่า การร้องนายกฯ เพื่อขอให้รับคดีแตงโม-นิดา เป็นคดีพิเศษ สามารถทำได้ เพราะนายกรัฐมนตรี เป็นประธานคณะกรรมการคดีพิเศษ (กคพ.) ตามกฎหมาย