จะใช้ระบบเดียวกับการฉีดในเด็กมัธยมศึกษา กำหนดฉีด 2 เข็มห่างกัน 8 สัปดาห์ ส่วนเด็กที่มีโรคประจำตัว 7 กลุ่มโรค ได้แก่
- โรคอ้วน
- โรคทางเดินหายใจเรื้อรัง
- หัวใจและหลอดเลือด
- ไตวายเรื้อรัง
- มะเร็งและภูมิคุ้มกันต่ำ
- เบาหวาน
- โรคพันธุกรรม
ทั้งกลุ่มอาการดาวน์ เด็กที่มีภาวะบกพร่องทางระบบประสาทรุนแรง และเด็กที่มีพัฒนาการช้า จะฉีดที่โรงพยาบาล ระยะห่างสามารถนานได้ถึง 12 สัปดาห์ ขึ้นอยู่กับดุลยพินิจของกุมารแพทย์ที่เป็นผู้รักษา ทั้งนี้ การฉีดวัคซีนให้กับเด็กยังเป็นไปตามความประสงค์ของผู้ปกครองไม่มีการบังคับ
ศ.นพ.สมศักดิ์ กล่าวว่า เด็กที่ติดเชื้อโควิด 19 พบว่า 98% มักไม่มีอาการหรืออาการน้อยถึง แต่มีความจำเป็นต้องฉีดวัคซีน โดยเฉพาะเด็กมีโรคประจำตัว เพื่อป้องกันอาการรุนแรงและเสียชีวิต และลดกลุ่มอาการอักเสบหลายระบบ (MIS-C)
ส่วนผลข้างเคียงหลังการฉีดในเด็กอายุ 5-11 ปี จากข้อมูลของสหรัฐอเมริกาที่ฉีดแล้ว 9 ล้านคน อาจพบอาการปวดบวมแดงบริเวณที่ฉีด อาการไข้น้อยกว่าเด็กโต แต่อาการทั้งหมดหายได้ใน 2 วัน อาการกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบพบ 11 คน แต่ไม่รุนแรงและรักษาหายทั้งหมด
ทั้งนี้ ในอังกฤษและออสเตรเลียให้ฉีดห่างกัน 8 สัปดาห์ เนื่องจากภูมิคุ้มกันสูงขึ้น ผลข้างเคียงน้อยลง อาการกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบยิ่งน้อยลงจนแทบไม่มีเลย การฉีดในโรงเรียนจึงแนะนำห่างกัน 8 สัปดาห์ ส่วนเด็กที่มีโรคประจำตัวและกลัวว่าจะติดเชื้อก่อน แนะนำประมาณ 4 สัปดาห์ แต่ไม่ควรเร็วกว่านั้น