การสอบสวนเจอกับปัญหามากมาย เมื่อเอกสารจำนวนมากที่เกี่ยวกับเรื่องนี้ถูกทำลายหรือถูกยื้อไว้จากเจ้าหน้าที่รัฐบาล วันที่ 4 มีนาคม 2530 เรแกนได้กล่าวสุนทรพจน์ทางโทรทัศน์เพิ่มเติม โดยแสดงรับผิดชอบอย่างเต็มที่สำหรับเรื่องนี้
เรื่องนี้ถูกสอบสวนโดยสภาคองเกรสแห่งสหรัฐอเมริกาและ Tower Commission 3 คน ที่ได้รับการแต่งตั้งจากเรแกน แต่การสืบสวนไม่พบหลักฐานว่าประธานาธิบดีเรแกนรู้เรื่องขอบเขตของโครงการต่าง ๆ นอกจากนี้ รองอัยการสูงสุดของสหรัฐอเมริกา ลอว์เรนซ์ วอลช์ ยังได้รับแต่งตั้งให้เป็นอัยการอิสระในเดือนธันวาคม 2529 เพื่อสอบสวนการกระทำความผิดทางอาญาที่อาจเกิดขึ้นโดยเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องในโครงการนี้
ในท้ายที่สุด เจ้าหน้าที่รัฐบาลหลายสิบคนถูกฟ้อง รวมทั้งรัฐมนตรีกลาโหม ขณะที่ 11 คนถูกตัดสินว่ามีความผิด แต่บางส่วนก็หลุดไปในระหว่างการอุทธรณ์
ส่วนที่เหลือของผู้ถูกฟ้องหรือถูกตัดสินว่ามีความผิดทั้งหมดได้รับการอภัยโทษในวันท้าย ๆ ของการอยู่ในตำแหน่งของประธานาธิบดีจอร์จ บุช ซึ่งเคยดำรงตำแหน่งรองประธานาธิบดีในช่วงที่เกิดปัญหาเรื่องนี้