กรมฯจึงกำหนดแนวทางการช่วยเหลือเกษตรกรผู้ประสบภัย โดยแบ่งเป็น 2 ช่วง คือขณะเกิดภัย ให้สำนักงานเกษตรจังหวัดและสำนักงานเกษตรอำเภอ ประเมินสถานการณ์เบื้องต้น และจัดชุดเฉพาะกิจลงพื้นที่ประสบภัย เพื่อให้ความช่วยเหลือเบื้องต้น รวมถึงให้คำแนะนำในการดูแลรักษาพืชผลทางการเกษตรที่ประสบภัย และประสานหน่วยงานในพื้นที่ วางแผนการบริหารจัดการน้ำ ผลักดันน้ำ และสูบน้ำออกจากพื้นที่การเกษตร
ส่วนช่วงหลังเกิดภัย หรือหลังจากสถานการณ์คลี่คลาย ให้สำนักงานเกษตรจังหวัดและสำนักงานเกษตรอำเภอ จัดทีมฟื้นฟูอุทกภัยลงพื้นที่สำรวจความเดือดร้อนและการช่วยเหลือด้านต่างๆ เพื่อหยุดยั้งความเสียหาย เช่น เร่งระบายน้ำออกจากพื้นที่ลุ่มต่ำ การบำบัดน้ำเสียในพื้นที่เกษตร การดูแลสุขภาพสัตว์และป้องกันโรค การสำรวจความเสียหายและการเยียวยาช่วยเหลือด้านพืช ด้านปศุสัตว์ ด้านประมง