การคัดแยกขยะให้แยกออกเป็น 3 ประเภท ดังนี้..
1. ขยะติดเชื้อ ได้แก่ ขยะที่ปนเปื้อนหรือสงสัยจะปนเปื้อนน้ำมูก น้ำลาย สารคัดหลั่งต่าง ๆ ของผู้ป่วย เช่น หน้ากากอนามัย กระดาษทิชชู ภาชนะและอุปกรณ์ที่ใช้ในการกินแบบใช้ครั้งเดียว เช่น ช้อน ส้อม แก้ว หลอด เป็นต้น และชุด PPE โดยให้รวบรวมใส่ถุงแดงไม่เกิน 2/3 ส่วน มัดปากให้แน่น และเก็บรวบรวมในถังขยะสีแดง
พร้อมกำหนดเวลาในการเก็บรวบรวมขยะติดเชื้อจากห้องพักไปยังที่พักรวมขยะติดเชื้อที่แยกจากขยะประเภทอื่น และประสานองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นหรือผู้รับทำการเก็บขนขยะติดเชื้อ โดยให้ใช้รถขนขยะติดเชื้อเฉพาะเพื่อเก็บขนไปกำจัดด้วยวิธีที่ได้มาตรฐานตามกฎกระทรวงว่าด้วยการกำจัดขยะติดเชื้อ พ.ศ. 2545
2. ขยะทั่วไป ได้แก่ ขยะที่ไม่ได้ปนเปื้อนน้ำมูก น้ำลาย สารคัดหลั่งต่าง ๆ ของผู้ป่วย เช่น เศษกระดาษ ถุงพลาสติก กระป๋องโลหะ ขวดแก้ว กล่องนม ขวดพลาสติก ถุงขนมบรรจุภัณฑ์ต่าง ๆ เป็นต้น ในแต่ละวัน ให้รวบรวมและบรรจุขยะลงในถุงดำ มัดปากถุงให้แน่นแล้วเก็บรวบรวมในถังขยะสีเขียวหรือน้ำเงิน และนำไปกำจัด ตามมาตรฐาน
3. ขยะประเภทเศษอาหาร ให้คัดแยกขยะประเภทเศษอาหารออกจากขยะประเภทอื่น ๆ รวบรวมใส่ภาชนะรองรับที่จัดไว้เฉพาะ จากนั้นนำไปหมักทำปุ๋ยต่อไป กระบวนการหมักที่ทำให้อุณหภูมิสูงขึ้นและระยะเวลา สามารถทำลายเชื้อโรคได้