สำหรับกรณีนำเรื่องที่ดินรถไฟเขากระโดง ไปเทียบเคียงคดีที่ดินอัลไพน์ นั้น ศ.พิเศษ วิชา บอว่า สาเหตุที่นายยงยุทธ วิชัยดิษฐ ทำผิดขณะนั้น อธิบดีกรมที่ดิน ให้เพิกถอนเพิกถอนรายการจดทะเบียนโอนที่ดินยายเนื่อม ชำนาญชาติศักดิ์ดา ที่มูลนิธิมหามงกุฎฯ ขายที่ดิน 2 แปลงให้กับบริษัท อัลไพน์ เรียลเอสเตท จำกัด กับบริษัท อัลไพน์ กอล์ฟ แอนด์ สปอร์ตคลับ จำกัด จึงมีคนยื่นอุทธรณ์
ต่อมานายยงยุทธ เลื่อนขั้นจากอธิบดีกรมที่ดิน มาเป็นรองปลัดกระทรวงมหาดไทย และมาดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการอุทธรณ์ และในคณะกรรมการฯ นายยงยุทธ เห็นว่า ที่ดินยายเนื่อม ไม่ใช่ที่ธรณีสงฆ์ โดยอ้างตามมาตรา 84 และ 85 รวมถึงการอ้าง ‘กฎหมายพิเศษ’ ที่ยกเว้นจากหลักการที่ดินอื่นในเชิงพาณิชย์
นายยงยุทธ ในฐานะประธานคณะกรรมการฯชุดนี้ ต้องส่งเรื่องให้ปลัดกระทรวงมหาดไทยพิจารณา ทว่าปลัดกระทรวงมหาดไทยขณะนั้น คือ นายชนะศักดิ์ ยุวบูรณ์ ปฏิเสธไม่ยอมสั่งคดีอัลไพน์ และยื่นใบลาออกจากตำแหน่ง ทำให้ต้องเลือกบุคคลขึ้นมารักษาการ ซึ่ง รมว.มหาดไทย ร.ต.อ.ปุระชัย เปี่ยมสมบูรณ์ ได้เลือกนายยงยุทธ ในฐานะรองปลัดกระทรวงมหาดไทย ขึ้นมารักษาการปลัดกระทรวงมหาดไทย ทั้งที่ นายยงยุทธ มีอาวุโสลำดับที่ 3 จากทั้งหมด 7 ลำดับ ก่อนที่จะส่งเรื่องให้กรมที่ดิน เพื่อเพิกถอนคำสั่งของกรมที่ดิน ที่ให้เพิกถอนที่ดินทั้ง 2 แปลงดังกล่าวในที่สุด
พฤติกรรมเหล่านี้เลยเข้าตารัฐบาลทักษิณ ให้รักษาการปลัดมหาดไทย ในที่สุดจึงได้บำเหน็จรางวัล ได้เป็นหัวหน้าพรรคเพื่อไทย และ เป็นร.ม.ว.มหาดไทย สมัยรัฐบาลยิ่งลักษณ์ ชินวัตร และถูกศาลคดีทุจริตพิพากษาจำคุก 2 ปีในที่สุด