16 มกราคม 2564 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า กระทรวงคมนาคม ออกแถลงการณ์เรียกร้องขอให้กรุงเทพมหานคร (กทม.) ชะลอการปรับขึ้นอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียว โดยระบุว่า ตามที่กรุงเทพมหานคร (กทม.) ได้ออกประกาศปรับอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียว ในอัตราสูงสุดตลอดสายอยู่ที่ 104 บาท ตั้งแต่วันที่ 16 ก.พ.64 เป็นต้นไปนั้นทางกระทรวงคมนาคม ขอเรียกร้องให้ กทม. ชะลอการปรับขึ้นราคาค่าโดยสารสายสีเขียวดังกล่าวจนกว่าจะมีการพิจารณาร่วมกันระหว่างทุกฝ่าย และหาหนทางอันเป็นประโยชน์ต่อการดำเนินโครงการ บริหารจัดการ ที่เป็นประโยชน์สูงสุดต่อประเทศชาติและประชาชนผู้ใช้บริการ เพื่อไม่ให้เป็นภาระค่าใช้จ่ายด้านการเดินทางแก่ประชาชน
อย่างไรก็ตามสำหรับเรื่องขอปรับแก้ไขสัญญาสัมปทานรถไฟฟ้าสายสีเขียวตามที่ กทม. ได้นำเสนอคณะรัฐมนตรี (ครม.) ที่ผ่านมานั้น ทางกระทรวงคมนาคมได้มีหนังสือถึงกระทรวงมหาดไทย และ กทม. เพื่อขอเอกสารที่เกี่ยวข้อง เช่น ผลการศึกษาของโครงการ แนวทางการกำหนดอัตราค่าโดยสาร ต้นทุนของโครงการ และเอกสารอื่น ๆ เพื่อนำมาศึกษา และให้ความเห็นต่อ ครม.
เพื่อให้เกิดการลดอัตราค่าโดยสารสูงสุดจาก 65 บาท ที่ กทม. เสนอ ใช้เป็นฐานถึงปี พ.ศ.2602 (38 ปี) ลงเหลือไม่เกินอัตราแนวทางที่ระบบรถไฟฟ้าสายอื่นๆ ในสังกัดกระทรวงคมนาคมกำหนดใช้ เช่น สีน้ำเงิน สีชมพู สีเหลือง สีม่วง ที่ไม่เกินอัตราสูงสุดที่ 42 บาท แต่จนถึงขณะนี้กระทรวงคมนาคมก็ยังไม่ได้รับเอกสารที่เกี่ยวข้องดังกล่าว ซึ่งเป็นเวลาประมาณ 1 เดือนแล้ว ก็หวังเป็นอย่างยิ่งว่าทุกฝ่ายจะได้ร่วมมือกัน เพื่อช่วยกันลดอัตราค่าใช้จ่ายในการเดินทางแก่ประชาชนต่อไป