โปรดเกล้าฯ ให้ยกเป็นพระอารามหลวงและเป็นที่ประทับของสมเด็จพระสังฆราช ในสมัยรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช วัดบางว้าใหญ่อยู่ในพระอุปถัมภ์ของเจ้านายวังหลัง คือสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากรมพระเทพสุดาวดี (สา) พระเชษฐภคินีของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชและเป็นพระชนนีของกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ทรงมีตำหนักที่ประทับอยู่ติดกับวัด ได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์วัดร่วมกับพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช และได้ขุดพบระฆังลูกหนึ่ง ซึ่งโปรดเกล้าฯ ให้นำไปไว้ที่วัดพระศรีรัตนศาสดาราม โดยทรงสร้างระฆังชดเชยให้วัดบางว้าใหญ่ 5 ลูก จากนั้นได้พระราชทานนามวัดใหม่ว่า "วัดระฆังโฆสิตาราม" นอกจากเป็นเพราะขุดพบระฆังที่วัดนี้และเพื่อฟื้นฟูแบบแผนครั้งกรุงศรีอยุธยาที่มีวัดชื่อวัดระฆังเช่นกัน ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อ "วัดระฆังโฆสิตาราม" เป็น "วัดราชคัณฑิยาราม" (คัณฑิ แปลว่าระฆัง) แต่ไม่มีคนนิยมเรียกชื่อนี้ ยังคงเรียกว่าวัดระฆังต่อมา
วัดระฆังโฆสิตารามมีหอพระไตรปิฎกซึ่งเป็นสถาปัตยกรรมที่สวยงามมาก เคยเป็นพระตำหนักและหอประทับนั่งของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชขณะทรงรับราชการในสมัยธนบุรี และโปรดเกล้าฯ ให้รื้อมาถวายวัด เมื่อเสด็จขึ้นครองราชสมบัติแล้ว มีพระราชประสงค์จะบูรณปฏิสังขรณ์ให้สวยงามเพื่อเป็นหอพระไตรปิฎก
พระประธาน คือพระประธานยิ้มรับฟ้า เป็นพระพุทธรูปเนื้อทองสำริด ปางสมาธิ หน้าตักกว้างประมาณ ๔ ศอกเศษ เบื้องพระพักตร์มีรูปพระสาวก ๓ องค์ นั่งประนมมือดุจรับพระพุทธโอวาท พระประธานองค์นี้ได้รับการยกย่องว่างดงามมาก จนปรากฏว่าครั้งหนึ่งเมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จมาถวายผ้าพระกฐิน ณ วัดระฆังโฆสิตาราม ได้มีพระราชดำรัสแก่ผู้เข้าเฝ้าฯ ใกล้ชิดว่า ไปวัดไหนไม่เหมือนมา วัดระฆังพอเข้าประตูโบสถ์พระประธานยิ้มรับฟ้าทุกที ด้วยเหตุนี้จึงทรงถวายเครื่องราชอิสริยาภรณ์นพรัตนราชวราภรณ์ และมหาปรมาภรณ์ช้างเผือกแด่พระประธานองค์นี้เป็นพิเศษ และพระประธานองค์นี้ก็ได้นามว่า พระประธานยิ้มรับฟ้า ตั้งแต่นั้นมา
รัชกาลที่ ๑ มีพระราชศรัทธาสร้างพระปรางค์ พระราชทานร่วมกุศลกับสมเด็จพระพี่นางพระองค์ใหญ่ (สมเด็จเจ้าฟ้าหญิง กรมพระเทพสุดาวดี พระนามเดิม สา) ตั้งอยู่หน้าพระวิหาร ได้รับการยกย่องจากสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ว่า เป็นพระปรางค์ที่ทำถูกแบบที่สุดในประเทศไทย พระปรางค์องค์นี้จัดเป็นพระปรางค์แบบ สถาปัตยกรรมรัตนโกสินทร์ยุคต้น ที่มีทรวดทรงงดงามมาก จนยึดถือเป็นแบบฉบับของพระปรางค์ที่สร้างในยุคต่อมา