หลังจากพัดขึ้นฝั่งที่เมืองมิยาซิกิ เมื่อเวลา 05.00 น. ตามเวลาท้องถิ่น พายุไต้ฝุ่นฟรานซิสโกทำให้เกิดลมกระโชกแรงและฝนตกหนักในบริเวณตอนใต้ของเกาะคิวชู ขณะที่ไต้ฝุ่นเคลื่อนตัวไปทางทิศเหนือ
พายุไต้ฝุ่นซานฟรานซิสโก นับเป็นไต้ฝุ่นลูกที่ 8 ประจำฤดูกาล และเป็นลูกที่ 2 ของปีที่พัดขึ้นฝั่งที่เกาะคิวชู หลังจากไต้ฝุ่นนารีพัดถล่มเมื่อวันที่ 27 ก.ค. โดยจุดสังเกตการณ์ของเมืองมิยาซากิ ในจังหวัดมิยาซากิ บันทึกกำลังลมได้ที่ 142.6 กิโลเมตรต่อชั่วโมง ขณะที่เมืองนาเบโอกะ ในจังหวัดเดียวกัน วัดปริมาณน้ำฝนได้ที่ 95.5 มิลลิเมตรใน 1 ชั่วโมง
สำนักข่าวเกียวโด รายงานว่า สายการบินญี่ปุ่นประกาศยกเลิกเที่ยวบินมากกว่า 130 เที่ยวบินไปและกลับจากเกาะคิวชู รวมถึงพื้นที่อื่นทางภาคตะวันตกของญี่ปุ่น เนื่องจากสภาพอากาศที่เลวร้าย ขณะที่บริษัทคิวชู เรลเวย์ ประกาศยกเลิกการให้บริการรถไฟในหลายเส้นทาง