สถานีวิจัยสัตว์ป่าโตนงาช้าง(ชื่อเดิม) ขึ้นตามโครงการเพาะเลี้ยงสัตว์ป่าและนำสัตว์ป่าคืนสู่ป่าธรรมชาติ ซึ่งเป็นโครงการย่อยในโครงการอนุรักษ์ธรรมชาติและสัตว์ป่าสวนป่าพระนามาภิไธยภาคใต้ที่จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติและถวายเป็นพระราชกุศลเนื่องในวโรกาส ที่สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ จะทรงมีพระชนมพรรษา 5 รอบ เป็นการดำเนินการตามพระราชดำริที่ต้องการให้ราษฎรมีความรับผิดชอบรักษาป่า รักษาสัตว์ป่า และช่วยกันดูแลรักษาป่าในพื้นที่เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าโตนงาช้าง จังหวัดสงขลา
ต่อมาเมื่อกรมป่าไม้ได้จัดตั้งส่วนวิจัยอุทยานแห่งชาติและสัตว์ป่าขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2543 โดยสังกัดอยู่ในสำนักอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ โดยแบ่งงานวิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์ป่าเพื่อเศรษฐกิจ และ เพื่ออนุรักษ์ จึงได้เปลี่ยนชื่อ เป็น สถานีวิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์ป่าเพื่อเศรษฐกิจโตนงาช้าง และต่อมา
ปี 2548 ได้เปลี่ยนเป็นสถานีเพาะเลี้ยงสัตว์ป่าโตนงาช้าง อยู่ในความรับผิดชอบของกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช สังกัดสำนักอนุรักษ์สัตว์ป่ากลุ่มงานเพาะเลี้ยงสัตว์ป่า