ซึ่งปมขัดแย้งนี้ ถ้านับย้อนกลับไป มีมานานร่วมๆ สิบปีแล้ว แต่ที่มาถึงจุดแตกหัก มีการสั่งปลดเจ้าอาวาสรูปเก่า และมีคดีฟ้องร้องกันไปมาหลายสิบคดี ก็อยู่ในช่วง 4-5 ปีมานี้ และจนถึงปัจจุบัน ก็ยังมองไม่เห็นทางออก
วัดบางคลานเป็นวัดเก่าแก่ อายุอานามเกือบ 200 ปี โด่งดังด้านวัตถุมงคลแบบสุดขีดในยุคที่มี พระครูพิบูลธรรมเวท หรือ "หลวงพ่อเปรื่อง" ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสรูปที่ 8 ตั้งแต่ปี 2505 มีการจัดทำวัตถุมงคลและพระเครื่องหลายต่อหลายรุ่น ซึ่งทุกรุ่นล้วนแต่โด่งดังในแวดวงพระเครื่องและวัตถุมงคล โดยเฉพาะ "พระรูปหล่อ พลวงพ่อเงิน พิมพ์นิยม" ซึ่งราคาปัจจุบันสูงถึงหลักล้านบาท หรือหลายล้านบาทเลยทีเดียว
ยุคหลวงพ่อเปรื่อง มีไวยาวัจกร และผู้ที่จัดการเรื่องบัญชีรายรับรายจ่ายของวัด 2 คน ซึ่งทำงานให้วัดมานานหลายสิบปี ก็คือ ลุงเชวง ชัยรัตน์ กับ อาจารย์พร ปั้นเพ็ง ช่วงนั้นสถานการณ์ในวัดไม่มีปัญหาขัดแย้ง โดยทางวัดมีรายได้จากการสร้างวัตถุมงคลรุ่นต่างๆ รวมๆ แล้วหลักร้อยล้านบาท กระทั่งปี 2539 หลวงพ่อเปรื่องได้มรณภาพลง ทางวัดมีการแต่งตั้ง "พระครูวิสิฐสีลาภรณ์" ขึ้นมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส นับแต่นั้นเองความขัดแย้งก็เริ่มก่อหวอด
จากปากคำของลุงเชวง และอาจารย์พร ซึ่งดูแลจัดการเงินวัดมาตลอด ระบุชัดว่าปัญหาภายในวัดมาจาก 2 เรื่องหลักๆ คือ ความประพฤติที่ไม่เหมาะสมกับสมณเพศของเจ้าอาวาส ซึ่งก็คือ พระครูวิสิฐสีลาภรณ์ และปัญหาการบริหารจัดการเงินวัด มีการทำโครงการก่อสร้างหลายโครงการ และมีการจัดจ้างบริษัทรับเหมาซึ่งเกี่ยวข้องกับสีกาคนหนึ่ง ขณะเดียวกันการจัดสร้างวัตถุมงคลรุ่นหลังๆ ในยุคนี้ ก็เริ่มมีผู้มีอิทธิพลระดับท้องถิ่นจากนอกวัดเข้ามามีบทบาท ทำให้ความขัดแย้งเริ่มปะทุ
กระทั่งถึงปี 57 ลุงเชวงก็ทนไม่ไหว ได้ร่างจดหมายร้องเรียนถึงเจ้าคณะใหญ่หนเหนือ ให้มีการตรวจสอบการปฏิบัติหน้าที่ของพระครูวิสิฐสีลาภรณ์ มีการตั้งคณะกรรมการไต่สวน ตามกฎหมายปกครองคณะสงฆ์และกฎมหาเถรสมาคม และสุดท้ายมีคำสั่งให้พระครูวิสิฐสีลาภรณ์ ยุติการปฏิบัติหน้าที่เจ้าอาวาส พร้อมตั้งรักษาการเจ้าอาวาสรูปใหม่ ให้เข้าไปตรวจสอบเงินบริจาคและศาสนสมบัติของทางวัด
จุดนี้เองที่เป็นชนวนเหตุของความขัดแย้ง มีคดีฟ้องร้องกันมากมาย แม้คดีหลัก คือคดีที่มีการฟ้องร้องเรื่องการปลดเจ้าอาวาสรูปเดิม และตั้งรักษาการเจ้าอาวาสรูปใหม่ จะมีคำพิพากษาศาลฎีกาออกมาแล้วว่าเป็นการดำเนินการโดยชอบด้วยกฎหมาย แต่ปัญหาก็ยังไม่ยุติลง เพราะยังมีชาวบ้านและผู้กว้างขวางในพื้นที่ ขัดขวางการเข้าปฏิบัติหน้าที่ของคณะรักษาการเจ้าอาวาสรูปใหม่ หลายครั้งความขัดแย้งบานปลายจนเกือบเผชิญหน้า