เมื่อเจ้าของรถสอบถามไปยังกรมสรรพสามิตได้รับคำชี้แจงว่า รถคันดังกล่าวก็เข้าข่ายถูกตรวจสอบ จากสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) เนื่องจากขณะนี้สตง.กำลังตรวจสอบกรมสรรพสามิต เพราะมีข้อสงสัยว่ากรมสรรพสามิตพิจารณาอนุมัติให้สิทธิ์รถยนต์คันแรกแก่ประชาชนจำนวนกว่า 1 แสนราย ที่ยื่นเอกสารเพิ่มเติมเกินกำหนดเวลาในวันที่ 31 ธ.ค. 2555 ซึ่งอาจจะมีความไม่ชอบมาพากล ถ้าหากสตง.สรุปว่า ผู้เข้าร่วมโครงการกว่า 1 แสนรายทำผิดเงื่อนไขและไม่ได้รับสิทธิ์รถยนต์คันแรก เจ้าของรถที่อยู่ในกลุ่มดังกล่าวต้องถูกตรวจสอบจากสตง. และต้องจ่ายส่วนลดภาษีมาคืนให้กรมสรรพสามิตทั้งหมด โดยหากผู้ใช้สิทธิ์จะต้องคืนเงินเฉลี่ยรายละ 1 แสนบาท เท่ากับว่าประชาชนต้องคืนเงินให้รัฐบาลรวมกว่า 1 หมื่นล้านบาท
ผู้สื่อข่าวรายงานเพิ่มเติมว่า กรณีที่ประชาชนไม่สามารถทำธุรกรรมภายในวันที่ 31 ธ.ค. 2555 ได้ทันเวลานั้น เพราะในช่วงเวลาดังกล่าว กรมสรรพสามิตได้ขอเอกสารเพิ่มเติม ซึ่งผู้ซื้อรถก็มีการส่งมอบเอกสารให้จากนั้นกรมสรรพสามิตได้แจ้งผลการอนุมัติและส่งมอบเช็คเงินคืนภาษีให้เจ้าของรถตามขั้นตอน