การทำเหมืองในพื้นที่สาธารณะที่ไม่ได้ขอประทานบัตร การย้ายบ่อเก็บกากแร่ที่ 2 โดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การประกอบโรงประกอบโลหกรรมโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การออกเอกสารสิทธิ์ในที่ดินโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การเปลี่ยนแปลงผังโครงการทำเหมืองแร่โดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การเป็นนอมินีต่างชาติในการถือครองที่ดินและทำเหมืองแร่ การหลีกเลี่ยงภาษี การฟอกเงินในการทำธุรกิจ และการฉ้อโกงฉ้อฉลต่อตลาดหลักทรัพย์
ต่อมาปี 2559 กรมสอบสวนคดีพิเศษ รับเรื่องเหล่านี้ไว้เป็นคดีพิเศษ และขณะนี้อยู่ระหว่างทำนวนส่งอัยการฟ้อง คาดว่าจะแล้วเสร็จในเดือน มีนาคม ปี 2561
ผู้อำนวยการกองบริหารคดีพิเศษ วรณัน ศรีล้ำ เปิดเผยข้อเท็จจริงบางอย่าง ระหว่างทำการสอบสวนเรื่องนี้ ว่าความผิดหลักคือการทำเหมืองทองคำผิดกฎหมายและใช้ที่สาธารณประโยชน์ ส่วนคดีสิ่งแวดล้อมหากมีหลักฐานเชื่อมโยงไปถึง ดีเอสไอก็มีอำนาจสอบขยายผลอยู่แล้ว แต่คดีดังกล่าวมีผลกระทบระดับประเทศ ดังนั้น การพิจารณาจึงต้องรอบคอบ โดยพนักงานสอบสวนจะเร่งรัดการสอบสวนให้แล้วเสร็จภายในเดือนมีนาคม 2561
หลักฐานในข้อกล่าวหาต่อเหมืองทองคำ ที่อยู่ในมือกรมสอบสวนคดีพิเศษ อาจเป็นข้อต่อสู้ในชั้นอนุญาโตตุลาการระหว่างประเทศ หลังบริษัท คิงส์เกต คอนโซลิเดเต็ด จำกัด (สัญชาติออสเตรเลีย) ฟ้องรัฐบาลไทย (คสช.) ผิดข้อตกลงการค้าไทยออสเตรเลีย เพราะใช้ ม.44 ปิดเหมืองทอง
"เราตั้งคำถามว่าหน่วยราชการทำอะไรแล้วหรือยัง เช่น มีแต่คนบอกว่ามันมีสารหนู แมงกานีส อยู่ในดินธรรมชาติ แต่จิ๊กซอร์ชิ้นเดียวที่รัฐบาลไทยไม่บยอมชี้ว่าใครเป็นคนไประเบิดขุดมันขึ้นมา คือสิ่งที่ไม่มีใครชี้แล้วผู้กระทำผิดยังลอยนวลอยู่ เป็นหนึ่งที่เรื่องที่ภาคประชาชนร้องให้สอบสวน เจ้าหน้าที่ละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ ซึ่งถ้าถึงวันนั้นบริษัทเหมืองทองคำอาจจะรอด แต่เจ้าหน้าที่ในประเทศไทยอาจจะผิดกฎหมายเสียเอง" นางวันเพ็ญกล่าว
อย่างไรก็ตามไม่ใช่เพียงกรมสอบสวนคดีพิเศษเท่านั้นที่เป็นหน่วยสืบหาข้อเท็จจริงกรณีเหมืองทอง ยังมีคณะกรรมการปราชปรามการทุจริตแห่งชาติ คณะกรรมการตรวจสอบข้อขัดแย้งเหมืองทอง 4 กระทรวง เป็นต้น แต่ทุกอย่างดำเนินไปอย่างล่าช้า ในขณะที่ภาคประชาชนเห็นว่า แม้เหมืองทองจะส่งผลกระทบสูง แต่บริษัทก็สามารถชี้แจงจนยากต่อการพิสูจน์ ซึ่งอาจสร้างชอบธรรมจนนำไปสู่การชนะคดีในชั้นอนุญาโตลุลาการ