ภายหลังคณะกรรมการ ป.ป.ช. ชี้มูลความผิด อนุกรรมการข้าราชการพลเรือน หรือ อ.ก.พ. กระทรวงมหาดไทย มีมติลงโทษทางวินัย ที่ส่งผลให้นายยงยุทธต้องลาออกจากเก้าอี้รองนายกรัฐมนตรี และ รัฐมนตรีมหาดไทย ในขณะนั้น
คดี มหากาพย์คดีทุจริตธรณีสงฆ์ "อัลไพน์กอล์ฟ" มีอดีตข้าราชการและนักการเมืองใหญ่ เป็นผู้เกี่ยวข้อหลัก คือ อดีตรัฐมนตรีช่วยมหาดไทย เสนาะ เทียนทอง และ อดีตรักษาการปลัดกระทรวงมหาดไทย ยงยุทธ วิชัยดิษฐ ในช่วงปี 2533 // ขณะนั้น เสนาะ เทียนทอง ยังอยู่ในตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยฯ กำกับดูแลกรมที่ดิน ได้มีคำสั่งไม่อนุญาตให้วัดธรรมิการามวรวิหาร จ.ประจวบคีรีขันธ์ รับมรดกที่ดินจากนางเนื่อม ชำนาญชาติศักดา 924 ไร่ ใน อำเภอคลองหลวง จ.ปทุมธานี ซึ่งนางเนื่อมได้ทำพินัยกรรมยกให้เป็นของวัดธรรมิการามวรวิหาร โดยให้โอนที่ดินให้เป็นของมูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัย /// ต่อมา วันที่ 31 สิงหาคม 2533 มีการจดทะเบียนซื้อขายที่ดิน ระหว่างมูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัยให้แก่บริษัท อัลไพน์ เรียลเอสเตท กับ บริษัท อัลไพน์ กอล์ฟแอนด์สปอร์ตคลับ ราคา 130 ล้านบาท ซึ่งมี นางอุไรวรรณ เทียนทอง นายวิทยา เทียนทอง และ นายชูชีพ หาญสวัสดิ์ และในปี 2541 ก็มีชื่อ "พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร" เข้าไปเกี่ยวข้อง ในฐานะผู้ซื้อสนามกอล์ฟอัลไพน์จาก "เสนาะ" ในราคา 500 ล้านบาท
แต่ นายเสนาะ เทียนทอง ที่มีความผิดฐานเป็นเจ้าพนักงานใช้อำนาจในตำแหน่งโดยมิชอบ จูงใจเพื่อให้บุคคลใดหามาให้ซึ่งทรัพย์สิน หรือประโยชน์ และฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ ป.ป.ช.ยื่นฟ้อง ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง แต่อัยการสูงสุดเห็นว่า คดีขาดอายุความจึงไม่ยื่นฟ้องคดี