
จากกรณี ป.ป.ช. ลงมติด้วยเสียงข้างมาก 6 ต่อ 3 เสียง เมื่อเดือน มิ.ย. 55 ชี้มูลความผิดกล่าวหา นายยงยุทธ เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงมหาดไทย รักษาราชการแทนปลัดกระทรวงมหาดไทย ปี พ.ศ.2544 ในการจดทะเบียนโอนมรดกและโอนสิทธิขายที่ธรณีสงฆ์ของที่ดินวัดธรรมามิการามวรวิหาร จ.ปทุมธานี จำนวน 732 ไร่โดยมิชอบ ซึ่งกรณีของนายยงยุทธ เป็นการพิจารณาต่อเนื่องมาจากที่ ป.ป.ช. เคยชี้มูลความผิดนายเสนาะ เทียนทอง อดีต รมช.มหาดไทย
โดยนายยงยุทธ ได้เพิกถอนคำสั่งของอธิบดีกรมที่ดิน ปี พ.ศ.2544 ที่ได้ยกเลิกโฉนดที่ดินแบ่งแยกและเพิกถอนรายการจดทะเบียนโอนมรดก ระหว่างมูลนิธิมหามกุฎราชวิทยาลัย ผู้จัดการมรดกกับมูลนิธิมหามกุฎราชวิทยาลัย ผู้รับโอน และระหว่างมูลนิธิมหามกุฎราชวิทยาลัย ที่ขายที่ดินให้กับบริษัทอัลไพน์ เรียลเอสเตท จำกัด และบริษัทอัลไพน์กอล์ฟ แอนด์ สปอร์ตคลับ จำกัด ผู้ซื้อ อันเป็นการโอนที่ธรณีสงฆ์โดยมิชอบ