ศาลปกครองอุบลราชธานี ได้มีการตัดสินเพิกถอนคำสั่ง สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย จากเดิมที่ให้สิทธิ์ ศรีสะเกษ เอฟซี ส่งทีมเข้าร่วมโตโยต้า ไทยลีก ตั้งแต่ฤดูกาล 2013 เป็นต้นมา โดยสิทธิ์จะกลับไปอยู่ที่ทีม อีสาน ยูไนเต็ด ตั้งแต่ตอนนี้เป็นต้นไป พร้อมสั่งห้ชดเชยค่าเสียหายอีกราว 18 ล้านบาท
โดย อีสาน ยูไนเต็ด ยื่นฟ้อง สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในสมัยที่ วรวีร์ มะกูดี เป็นนายกในสมัยนั้น พร้อมระบุว่า ถือเป็นหน่วยงานทางปกครองกระทำการโดยไม่ชอบด้วยกฏหมายและกระทำละเมิดอันเกิดจากการใช้อำนาจตามกฏหมาย ที่ให้สิทธิ์ ศรีสะเกษ เอฟซี ส่งทีมเข้าแข่งขันโตโยต้า ไทยลีก รวมถึงได้ฟ้อง ธเนศ เครือรัตน์ ประธานสโมสรศรีสะเกษ เอฟซี อีกด้วย