ซึ่งทางเลือกแรกคือเสนอใช้วิธีการไกล่เกลี่ย ซึ่งเป็นวิธีการที่รมว.ศธ. ตั้งใจจะนำมาใช้ ที่ผ่านมา รมว.ศธ. ได้ตั้งกรรมการสอบสวนข้อเท็จจริงกรณีดังกล่าว ซึ่งได้สอบสวนแล้วเสร็จและกรรมการเสนอแนะให้มีการไกล่เกลี่ย เพื่อให้เกิดความปรองดองกัน ส่วนทางเลือกที่ 2 เสนอให้รมว.ศธ. ใช้อำนาจตามมาตรา 86 (4) และมาตรา 86 วรรค 2 ตามพ.ร.บ.อุดมศึกษาเอกชน พ.ศ.2546 ตั้งกรรมการเข้าไปควบคุมมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ ยึดอำนาจจากสภาฯและผู้บริหาร
สำหรับมาตรา 86 (4) กำหนดไว้ว่า ถ้ามหาวิทยาลัยเอกชน เกิดเหตุอย่างใดอย่างหนึ่งดังต่อไปนี้ จากทั้งหมด 4 สาเหตุ ซึ่งรวมถึงการที่สภามหาวิทยาลัย กรรมการสภามหาวิทยาลัย อธิการบดี คณาจารย์ หรือนักศึกษา ดำเนินการอันเป็นภัยร้ายแรงต่อความมั่นคงและความปลอดภัยต่อประเทศ ต่อวัฒนธรรมของชาติ ความสงบเรียบร้อย หรือศีลธรรมอันดีของประชาชน ซึ่งกรณีของมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ มีความรุนแรงเกิดขึ้นซึ่งส่งผลกระทบต่อวัฒนธรรม ความสงบ และศีลธรรมอันดีของประชาชน ตามมาตรา 86 (4) แล้ว เพราะฉะนั้น กกอ.จึงเสนอให้รมว.ศธ.ใช้อำนาจตามมาตรา 86 วรรค 2 ตั้งกรรมการเข้าไปควบคุมสถาบันอุดมศึกษาแห่งนั้น ประกอบด้วยกรรมการไม่น้อยกว่า 5 คนแต่ไม่เกิน 15 คน ทำหน้าที่แทนสภามหาวิทยาลัยเดิม พร้อมออกประกาศควบคุมมหาวิทยาลัยในหนังสือพิมพ์ไม่น้อยกว่า 3 วัน จากนี้ก็ขึ้นอยู่กับว่า รมว.ศธ.จะเลือกใช้แนวทางไหน
ด้านนพ.กำจร ตติยกวี ปลัดศธ. บอกว่าที่ผ่านมา ศธ. พยายามดำเนินการไกล่เกลี่ย แต่ทั้ง 2 ฝ่ายกลับนำข้อกฎหมายมาใช้ในเชิงอำนาจเข้าใส่กัน จนทำให้เกิดความกระทบกระทั่ง ซึ่งไม่เป็นผลดีต่อทั้งสองฝ่าย แต่ถ้ารมว.ศธ. เลือกใช้ทางเลือกมาตรา 86 จริง ทางมหาวิทยาลัยสามารถอุทธรณ์ได้ในระยะเวลา 30 วัน แต่จะอุทธรณ์ได้ก็ต่อเมื่อมีความปรองดองกันก่อน