โดยแนวทางสร้างความปรอง ประเด็นที่ถูกจับตามากที่สุด คือ การนิรโทษกรรม มาใช้ในการเสริมสร้างความปรองดอง และให้ความสำคัญกับการแสวงหาข้อตกลงระหว่างคู่ขัดแย้ง ทั้งในระดับแกนนำและผู้สนับสนุน โดยมีการกำหนดขอบเขตของการนิรโทษกรรมระดับต่างๆ ในสังคม
ในชั้นเริ่มต้นเป็นการนิรโทษกรรมสำหรับ คดีที่มีมูลเหตุจูงใจทางการเมือง ของประชาชนที่ได้กระทำไป เพื่อแสดงออกซึ่งความคิดทางการเมือง หรือมีการกระทำความผิดอื่นที่เกี่ยวเนื่องกับ เหตุการณ์ทางการเมือง ซึ่งไม่รวมถึงการกระทำความผิดอาญามาตรา 112 และการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างร้ายแรง
คณะกรรมการได้ศึกษาแนทางคือ การตรากฎหมายพิเศษ เพื่อนำกระบวนการยุติธรรมมาใช้เพื่อการสร้างความปรองดองและสมานฉันท์ ในคดีชุมนุมทางการเมือง นับแต่ปี 2548-2557 ทั้งฝ่ายรัฐและประชาชน นำมาจัดกลุ่มประเภทคดี เช่น เป็นความผิดที่มีแรงจูงใจทางการเมือง เป็นความผิดอาญาโดยเนื้อแท้ เป็นความผิดที่มีแรงจูงใจทางการเมืองแต่มีฐานความผิดอื่นประกอบ ซึ่งคดีอยู่ในชั้นพิจารณาของพนักงานอัยการ คดีอยู่ในกระบวนการของศาลยุติธรรม เพื่อพิจารณาไม่ยื่นคำร้องไม่อุทธรณ์ ไม่ฎีกา ถอนฟ้อง
ส่วนคดีศาลได้พิจารณาคดีเสร็จสิ้นเด็ดขาดแล้ว ให้คำนึงถึงเกณฑ์การขอพระราชทานอภัยโทษตามกฎเกณฑ์ที่กฎหมายกำหนด หากจะมีการออกกฎหมายนิรโทษกรรมทั้งในเริ่มต้นและขั้นต่อไป ควรกำหนดเงื่อนไข 4 ประการที่ต้องพิจารณา คือ การยอมรับของเหยื่อ หรือ ผู้ถูกกระท การแสดงความสำนึกรับผิดต่อสาธารณะของผู้มีส่วนเกี่ยวข้องกับความขัดแย้ง การให้อภัยของเหยื่อ และ การเปิดเผยความจริง การให้ข้อมูลที่เป็นจริงของผู้กระทำในเหตุการณ์