
ในสมัย ราชวงศ์เม็งราย วัดสวนดอก มีความเจริญรุ่งเรืองมาก แต่หลังจากสิ้น ราชวงศ์เม็งราย บ้านเมืองตกอยู่ในอำนาจพม่า ทั้งเกิดจลาจลวุ่นวาย วัดนี้จึงกลายสภาพเป็นวัดร้างไป วัดสวนดอก ได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่อีกครั้ง ในรัชสมัย พระเจ้าบรมราชาธิบดีกาวิละ แห่ง ราชวงศ์ทิพย์จักราธิวงศ์ (เจ้าเจ็ดตน) และได้รับการทำนุบำรุงจาก เจ้านายฝ่ายเหนือ และประชาชนเชียงใหม่มาโดยตลอด
วัดสวนดอก ต่อได้รับการบูรณะครั้งสำคัญ 2 ครั้ง ครั้งแรกในปี พ.ศ. 2450 พระราชชายา เจ้าดารารัศมี ใน พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้อัญเชิญรวบรวมพระอัฐิ เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ และ พระประยูรญาติ มาประดิษฐานรวมกัน และต่อมาอีกครั้งหนึ่งในปี พ.ศ. 2475 เป็นการบูรณะปฏิสังขรณ์องค์พระวิหารโดย ครูบาเจ้าศรีวิชัย นักบุญแห่งล้านนา