สำหรับเงื่อนไขสัญญาระบุไว้ว่าเอกชนจะต้องเริ่มจ่ายค่าสิทธิบริหารแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ตามที่เสนอขอผ่อนจ่ายรวม 7 งวด แบ่งเป็น งวดที่ 1-6 งวดละ 1,067.11 ล้านบาท และงวดที่ 7 จำนวน 5,328.47 ล้านบาท โดยเมื่อลงนามสัญญาแล้วเสร็จ เอกชนจะต้องจ่ายค่าสิทธิรวม 3 งวด วงเงินรวมกว่า 3,000 ล้านบาท ซึ่งเป็นยอดชำระย้อนหลังรวม 3 ปี ระหว่างปี 2564 – 2566 ส่วนที่เหลืออีก 4 งวด จะจ่ายตามกำหนดสัญญาภายในวันที่ 24 ต.ค.ของแต่ละปี
อย่างไรก็ตาม ภายหลังการแก้สัญญาแล้ว รฟท. จะยังคงได้รับค่าสิทธิบริหารแอร์พอร์ตเรลลิงก์ ครบจำนวน 10,671 ล้านบาท บวกดอกเบี้ยและค่าเสียโอกาสของรฟท.อีกจำนวน 1,060 ล้านบาท รวมวงเงินที่ได้รับ 11,731 ล้านบาท