ส่วนของอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเหลืองนั้น เบื้องต้น รฟม. เสนอกระทรวงคมนาคม เพื่อเสนอคณะรัฐมนตรี (ครม.) พิจารณาแล้ว หากเห็นชอบจะเข้าสู่ขั้นตอนประกาศในราชกิจจานุเบกษา และต้องประกาศล่วงหน้าให้ประชาชนทราบก่อนเก็บค่าโดยสาร สำหรับการเสนอเรื่องอัตราค่าโดยสารให้ ครม. พิจารณา ไม่จำเป็นต้องรอรัฐบาลชุดใหม่ เนื่องจากเรื่องดังกล่าวเป็นขั้นตอนตามกฎหมาย ไม่ได้เป็นภาระทางการเงินของรัฐบาล ทั้งนี้ หาก EBM สามารถเปิดให้บริการเดินรถได้อย่างเป็นทางการแล้ว รฟม. ต้องจ่ายเงินค่าสนับสนุนงานก่อสร้างปีละ 2,505 ล้านบาท ให้แก่ EBM เป็นระยะเวลา 10 ปีตามสัญญา รวมเป็นเงิน 25,050 ล้านบาทด้วย
สำหรับอัตราค่าโดยสารเบื้องต้นมีการคำนวณตามสัญญาสัมปทานปี 2559 กำหนดค่าโดยสารเริ่มต้น 14 บาท สูงสุด 42 บาท แต่ก่อนเปิดให้บริการจะต้องปรับอัตราค่าโดยสารตามดัชนีราคาผู้บริโภค (CPI) อีกครั้ง โดยจะใช้ CPI 3 เดือนก่อนวันที่เริ่มให้บริการ คาดว่าอัตราค่าโดยสารจะเริ่มต้นที่ 15 บาท สูงสุด 45 บาท ซึ่งปรับตาม เงินเฟ้อเดือน มี.ค.66
อย่างไรก็ตาม ระยะแรกจะเปิดให้บริการ 4 ตู้ต่อขบวน รองรับผู้โดยสารได้ 17,000 คนต่อชั่วโมงต่อทิศทาง โดย 1 ขบวน รองรับผู้โดยสารได้ประมาณ 1,000 คน ทั้งนี้ สามารถเพิ่มตู้โดยสารได้สูงสุด 7 ตู้ต่อขบวน รองรับผู้โดยสารได้ 28,000 คนต่อชั่วโมงต่อทิศทาง ใช้ความเร็วในการให้บริการเฉลี่ย 35 กม.ต่อ ชม. ความเร็วสูงสุดอยู่ที่ 80 กม.ต่อชม. มีแผนจัดรถให้บริการ 19 ขบวน (30 ขบวนในอนาคต) ใช้ความถี่การให้บริการ ช่วงเวลาเร่งด่วน 5 นาทีต่อขบวน และช่วงเวลาปกติ 10 นาทีต่อขบวน ใช้ระยะเวลา 45-50 นาทีต่อการเดินทาง