ไพบูลย์ นิติตะวัน อดีตประธานคณะกรรมการปฏิรูปแนวทางและมาตรการปกป้องพิทักษ์กิจการพระพุทธศาสนา ในสภาปฏิรูปแห่งชาติ ชี้ว่า สาเหตุสำคัญมาจากรูปแบบการปกครองคณะสงฆ์ ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ปี 2505 ที่รวมศูนย์อำนาจ ขาดการตรวจสอบถ่วงดุลที่ดี ทำให้มีผลประโยชน์ทับซ้อนเกิดขึ้นอย่างกว้างขวาง
ไพบูลย์ ยกตัวอย่างการตั้ง "เจ้าคณะภาค" เพื่อปกครองคณะสงฆ์ในส่วนภูมิภาค ปรากฏว่าการแต่งตั้งเป็นอำนาจของกรรมการมหาเถรสมาคม ทำให้มหาเถรฯเห็นชอบให้พระภิกษุในสายของตนเองไปดำรงตำแหน่งเจ้าคณะภาค จะเห็นได้ว่ากรรมการ มส.หลายรูป ก็มีตำแหน่งเจ้าคณะภาคพ่วงอยู่ด้วย ขณะที่เจ้าคณะภาคเองก็มีอำนาจแต่งตั้งเจ้าคณะจังหวัด เจ้าคณะจังหวัดก็มีอำนาจแต่งตั้งเจ้าคณะอำเภอ เรื่อยลงไปจนถึงเจ้าคณะตำบล จนกลายเป็นการผูกขาดอำนาจการปกครองสงฆ์ทั้งประเทศ
ที่สำคัญที่สุดในความเห็นของไพบูลย์ ก็คือการที่กรรมการมหาเถรสมาคม ยังดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสเองด้วย ฉะนั้นเมื่อจะต้องออกกฎกติกาเพื่อควบคุมดูแลวัด อย่างเช่นก่อนหน้านี้ที่มีการเสนอให้ออกกฎ "ควบคุมบัญชีรายรับรายจ่ายของวัด" ทางมหาเถรฯ ก็ไม่ขยับทำตามข้อเสนอ ทำให้สังคมข้องใจเรื่องผลประโยชน์ทับซ้อน
ส่วนการแต่งตั้งเจ้าคณะปกครองระดับต่างๆ ก็ไม่มีการกำหนดคุณสมบัติที่ชัดเจน จึงมีการตั้งในลักษณะที่ถูกตั้งคำถามว่าเป็นการ "ตั้งตามอำเภอใจ" หรือไม่ เพราะเจ้าคณะภาคในภูมิภาคต่างๆ หลายๆ รูปก็เป็นพระในกรุงเทพฯ และเป็นเจ้าอาวาสวัดในกรุงเทพฯนี่เอง แต่กลับได้รับแต่งตั้งให้ไปปกครองคณะสงฆ์ในต่างจังหวัด
ไพบูลย์ สรุปว่า รูปแบบการปกครองคณะสงฆ์แบบนี้ ทำให้เกิด "เครือข่ายอุปถัมป์ขนาดใหญ่" ซ้ำยังรวบอำนาจ ขาดกลไกตรวจสอบถ่วงดุล เปรียบเหมือนการตั้งผู้บริหารรัฐวิสาหกิจไปเป็นรัฐมนตรีที่คุมรัฐวิสาหกิจนั้นเสียเอง แล้วรัฐมนตรีจะออกกติกาควบคุมรัฐวิสาหกิจแห่งนั้นหรือไม่
ความเห็นของอดีตประธานคณะกรรมการปฏิรูปกิจการพระพุทธศาสนาอย่างไพบูลย์ นิติตะวัน สอดคล้องกับทัศนะของ "หลวงปู่พุทธะอิสระ" หรือ พระสุวิทย์ ธีรธมฺโม เจ้าอาวาสวัดอ้อน้อย จังหวัดนครปฐม ที่บอกว่า ปัจจุบันโครงสร้างการปกครองสงฆ์ที่มีมหาเถรสมาคมเป็นศูนย์กลางนั้น มีลักษณะรวมศูนย์อำนาจ ทั้งอำนาจนิติบัญญัติ คือ ออกกฎระเบียบต่างๆ อำนาจบริหาร คืออำนาจการปกครองคณะสงฆ์ การแต่งตั้งพระภิกษุไปเป็นเจ้าคณะปกครอง และอำนาจตุลาการ คือพิจารณาตัดสินอธิกรณ์ของพระที่ถูกกล่าวหา
แต่ไม่เฉพาะอำนาจของมหาเถรสมาคมเท่านั้นที่มีการรวมศูนย์ เพราะพระเถระที่ดำรงตำแหน่งกรรมการมหาเถรฯเอง ก็ยังกระจุกตัวอยู่เฉพาะวัดใหญ่ๆ ดังๆ ในกรุงเทพฯเท่านั้น อย่างวัดใหญ่บางวัด เป็นกรรมการมหาเถรฯถึง 3 รูปจาก 20 รูป ทั้งๆ ที่ทั่วประเทศไทยมีวัดเป็นแสนๆ วัด
แนวทางการแก้ไขปัญหานี้ ทั้งหลวงปู่พุทธะอิสร และ ไพบูลย์ นิติตะวัน เห็นตรงกันว่า จะต้องแก้ไขพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ เพื่อรื้อโครงสร้างที่รวมศูนย์อำนาจและทำให้เกิดเครือข่ายอุปถัมภ์ขนาดใหญ่ในวงการผ้าเหลือง