เนื่องจากในการยื่นบัญชีทรัพย์สินต่อ ป.ป.ช เมื่อครั้งเข้ารับตำแหน่ง สนช. เมื่อวันที่ 13 ต.ค. 2559 ระบุว่ามีรายได้จากการรับเงินเป็นที่ปรึกษาจากบริษัทไทยเบฟเวอเรจ เดือนละ 50,000 บาท ซึ่งเลขาธิการสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินระบุว่า พล.ต.ท.ศานิตย์ชี้แจงว่าไม่ได้เป็นที่ปรึกษาและไม่ได้รับเงินในตำแหน่งดังกล่าว ส่วนที่แจ้งนั้นอาจจะเกิดความผิดพลาด เพราะได้ให้เจ้าหน้าที่ดำเนินการเตรียมเอกสารและยื่นให้ โดยไม่ได้ทำด้วยตัวเอง เช่นเดียวกับบริษัทไทยเบฟฯ ได้ชี้แจงว่า ไม่ได้จ้างพล.ต.ท.ศานิตย์เป็นที่ปรึกษาของบริษัทฯ
หลักฐานชัด!! "ศานิตย์" ยื่น ป.ป.ช. รับเงินไทยเบฟฯ
อย่างไรก็ตาม ทีมข่าว "คมชัดลึก" ไปเปิดเอกสารชี้แจงบัญชีทรัพย์สินและหนีสินของ พล.ต.ท.ศานิตย์ ก็พบว่ามีการระบุชัดในข้อ 6 ว่า ผู้ยื่น "เป็นที่ปรึกษา บ.ไทยเบฟเวอเรจ ตั้งแต่ปี 2558 มีรายได้ต่อเดือนประมาณ 50,000 บาท"
ทั้งนี้ในการพิจารณาของ ผู้ตรวจการแผ่นดินต้องพิจารณาทั้งจากเอกสารที่ยื่นต่อ ป.ป.ช. และจากคำชี้แจงด้วย