รัฐมนตรียุติธรรม ไพบูลย์ คุ้มฉายา บอกว่า พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ไม่ได้สั่งการเป็นพิเศษกรณี ที่เกี่ยวข้องกับวัดพระธรรมกาย ส่วนตัวเองก็ไม่ได้เข้าไปสั่งการใด ๆ กับ ดีเอสไอหรือปปง. ที่ดำเนินการตรวจสอบเรื่องนี้อยู่ แต่ให้ดำเนินการตามหน้าที่ และอาจให้รายงานความคืบหน้า
ส่วนที่มีการกล่าวอ้างว่า การตรวจสอบเรื่องของศาสนาถือเป็นเรื่องที่มีความละเอียดอ่อน รัฐมนตรียุติธรรม บอกว่า ไม่ควรยึดติดว่าเป็นสถาบันใด หากบุคคลหรือสถาบันใดทำผิดกฎหมาย ก็ต้องว่าไปตามกฎหมาย อย่าผูกพันกับตัวบุคคลหรือชื่อของสถาบัน