ศ.นพ.อุดม คชินทร อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล ออกแถลงการณ์ มหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อวันที่ 29 ก.ค. 2559 ว่า ตามที่เป็นข่าวในสังคมเรื่องคณะกรรมการการเลือกตั้ง(กกต.)ส่งหนังสือตักเตือนมายังอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล กรณีหน่วยงานในสังกัดวางตัวไม่เป็นกลางทางการเมืองกรณีการลงประชามตินั้น ในนามผู้บริหารมหาวิทยาลัย คณบดี หัวหน้าส่วนงาน ขอแถลงว่า มหาวิทยาลัยมหิดลสนับสนุนให้มีการแสดงประชามติอย่างเสรี เป็นธรรม และเคารพในดุลยพินิจของทุกคนโดยไม่มีการชี้นำ
การกระทำที่ไม่เหมาะสมของบุคคลบางส่วนในมหาวิทยาลัยมหิดลในเรื่องประชามตินั้น มหาวิทยาลัยได้ตักเตือนและขอให้ยุติการกระทำแล้ว และได้แจ้งให้บุคคลกลุ่มนั้นทราบว่ามหาวิทยาลัยจะไม่รับผิดชอบต่อการกระทำในนามส่วนตัวของบุคคลนั้นๆ