ที่ผ่านมาประเทศไทยตกอยู่ในวังวนของความขัดแย้ง และเมื่อถึงเวลาปฏิรูปประเทศ การเขียนรัฐธรรมนูญจึงมีการบรรจุเรื่องปรองดอง ที่ถือว่าเป็นเรื่องใหม่เข้าไปด้วย แต่เหมือนว่า เมื่อเริ่มจับต้องเรื่องการปรองดองก็เกิดความขัดแย้งตั้งแต่เริ่มต้น จากที่มีการวิพากษ์วิจารณ์กันอย่างกว้างขวาง ว่าควรใช้การนิรโทษกรรม หรือ อภัยโทษ
เมื่อเปรียบเทียบการนิรโทษกรรม กับการอภัยโทษ จะเห็นได้อย่างชัดเจนว่า การนิรโทษกรรม คือการออกพระราชบัญญัติ ให้ผู้ที่กระทำผิดตามกฏหมายไม่ต้องรับโทษตามกฏหมาย โดยไม่ต้องผ่านกระบวนการรับผิด ให้ถือว่าไม่เคยกระทำผิด ส่วนการอภัยโทษ คือผู้กระทำผิด ต้องผ่านกระบวนการยอมรับผิดก่อน ถึงจะได้รับการอภัยโทษให้ แต่จุดหมายปลายทางของทั้งการนิรโทษกรรม และการอภัยโทษ ก็คือให้ผู้ที่กระทำผิดไม่ต้องรับโทษตามกฏหมาย
คณะกรรมการปฏิรูปกฎหมาย สมชาย หอมลออ ได้อธิบายให้เห็นว่า ก่อนจะมีการพูดถึง ว่าจะใช้วิธีการนิรโทษกรรม หรืออภัยโทษนั้น ต้องมีกระบวนการพูดคุยของผู้ขัดแย้งก่อน และให้ผู้ขัดแย้งเป็นฝ่ายเลือกว่า จะใช้วิธีไหน ถึงจะนำไปสู่การปรองดองที่แท้จริง และการรู้สึกผิดของผู้กระทำผิดเป็นปัจจัยที่สำคัญ
ส่วนในรัฐธรรมนูญจะเลือกวิธีไหน ประธานคณะกรรมาธิการปฏิรูปการเมือง สมบัติ ธำรงธัญวงศ์ บอกว่า เรื่องการตัดสินใจ ต้องดูแนวทางของกรรมาธิการยกร่าง ว่าจะให้คณะกรรมการปรองดอง เป็นผู้เสนอ หรือคณะกรรมาธิการยกร่างจะเขียนไว้ในรัฐธรรนูญอย่างชัดเจน
ท้ายสุดต้องดูว่า หากร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ บรรจุเรื่องของการอภัยโทษ หรือ นิรโทษไว้ จะสามารถนำไปสู่ ความปรองดองได้จริงหรือไม่ หรือจะกลายเป็นชนวนความขัดแย้งอีกครั้ง