แม้จะมีการปรับเพิ่มตำแหน่งแต่ก็ยังคงโครงสร้างส่วนต่างๆ ดังเดิม อาทิ ฝ่ายความมั่นคง ฝ่ายเศรษฐกิจ ฝ่ายสังคมจิตวิทยา ฝ่ายกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม และกองกำลังรักษาความสงบ ส่วนงานขึ้นตรงหัวหน้า คสช.และฝ่ายกิจการพิเศษ ซึ่งบุคคลากรแต่ละท่านจะเข้ามารับผิดชอบงานในแต่ละด้านที่สอดคล้องกับส่วนงานที่ผ่านมา ทั้งนี้จะมีการนัดประชุม คสช.นัดแรกจากที่ได้มีการปรับเพิ่มบุคลากรเข้ามา ในวันที่ 18 ก.ย.นี้ ที่กองบัญชาการกองทัพบก
นอกจากนี้ พล.อ.อ.ประจิน ยังกล่าวถึงการพิจารณาร่างงบประมาณรายจ่ายประจำปี 2558 ที่ผ่านความเห็นชอบโดยในส่วนของกองทัพได้รับงบประมาณที่ลดลงว่า ในส่วนกองทัพอากาศ ไม่กระทบกับภารกิจหลักแต่อย่างใด
พล.อ.อ.ประจิน กล่าวถึงการทำหน้าที่รมว.คมนาคม ว่าจะขอพบปะผู้บริหารและข้าราชการเพื่อแลกเปลี่ยนข้อคิดเห็น พร้อมนำนโยบายของ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ที่ได้ชี้แจงในสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) มาทำความเข้าใจพร้อมเปิดให้ผู้บริหารเสนองานเร่งด่วน ในส่วนที่รับผิดชอบมาบูรณาการเพื่อจัดทำเป็นแผนปฏิบัติราชการของกระทรวง (Action Plan)ในแต่ละด้านเพื่อจัดลำดับ เดินหน้าขับเคลื่อนงานสำคัญเร่งด่วน ส่วนปัจจัยที่มีผลกระทบทั้งแผนงาน เงินทุน งบประมาณ จะมีการทำเวิร์คช้อป เพื่อจะได้เห็นปัญหาและกำหนดกลยุทธ์การขับเคลื่อน ทั้งทางถนน ทางราง รถไฟฟ้าในกทม.ทางเรือ ทางอากาศ ซึ่งจะมีรายละเอียดชัดเจน พร้อมยืนยัน ภายใน 3 สัปดาห์แผนจะเสร็จเรียบร้อย